En otoño de 1995, Heikensten asumió el cargo de vicegobernador del Banco de Suecia, con especial responsabilidad en materia de política monetaria. Mantuvo este cargo tras la reforma que permitió al Riksbank obtener su independencia y la creación de un consejo ejecutivo en 1999. Sucedió a Urban Bäckström como gobernador del Riksbank en 2003.^[1]​ Durante los diez años que Heikensten trabajó en el Riksbank (de 1995 a 2005), se produjeron cambios importantes: se estableció la política de objetivos de inflación y los tipos de interés cayeron significativamente (el tipo de interés repo se redujo del 8,91 % al 1,5 %). Al mismo tiempo, el Riksbank se convirtió en uno de los bancos centrales más transparentes del mundo.^[2]​ Además, la plantilla se redujo drásticamente (de más de 900 a unos 400 empleados).

Heikensten dejó el cargo en 2006 para convertirse en el miembro sueco del Tribunal de Cuentas Europeo,^[3]​ la organización de auditoría externa de la Unión Europea con sede en Luxemburgo. Durante sus primeros años, trabajó en la comunicación del tribunal, intentando contribuir a una institución más abierta. También participó en proyectos para modernizar y aumentar la eficiencia del tribunal. Abogó públicamente por cambios estructurados, reduciendo sustancialmente el número de miembros (ahora uno por cada país). Durante sus últimos años, Heikensten auditó las políticas exteriores (incluida la ayuda) de la Unión Europea.

Heikensten es miembro de la Real Academia Sueca de Ciencias de la Ingeniería desde 2001^[4]​ y de la Real Academia de Ciencias desde 2012. Obtuvo el Doctorado Honoris Causa en Economía por la Escuela de Negocios de Umeå en 2005 y el Doctorado Honoris Causa por el Gustavus Adolphus College en 2012. Ha sido galardonado con la Medalla de Su Majestad el Rey al más alto nivel.

•   Orden del Sol Naciente, 2.ª Clase, Estrella de Oro y Plata (2022)^[5]​