Comparando sus conocimientos científicos con los escritos filosóficos tradicionales que estudiaba (herencia del neoconfucianismo, de las nociones del taoísmo y del sintoísmo), llegó a la conclusión que estos no hacían más que hablar de la existencia de una «ley universal de la naturaleza», que también se podía comprender a través de la ciencia.^[1]​ Su gran tarea consistió a intentar traducir estos conceptos filosóficos, acontecidos según él obtusos y herméticos, en una enseñanza práctica expresada en lenguaje corriente japonés.^[1]​

Esto se concretó con la edición de una serie de manuales, denominados kunmono, distribuidos por todo el país y que fueron muy populares, haciendo que Kaibara llegara a ser muy famoso en el Japón de su época, habían, por ejemplo, que explicaban «como criar los niños» o «cómo se tenían que comportar las mujeres».^[1]​

Desde su más temprana juventud una chica debe observar la línea de demarcación que separa de las mujeres de los hombres, y nunca, ni por un instante, no se le podrá permitir ver u oír la menor incorrección. Las costumbres de la antigüedad no permitían que los hombres y las mujeres se sentasen en la misma habitación, mantener su prendas de vestir en el mismo lugar, a bañarse en el mismo lugar, o para transmitirse entre sí nada directamente de mano en mano. Una mujer . . . debe observar una cierta distancia en sus relaciones, incluso con su marido y con sus hermanos.

Ekiken, Kaibara. "Greater Learning for Women.” In Women and the Wisdom of Japan Londres: John Murray, 1914.

También tuvo mucho éxito su obra sobre la salud, Yojokun, traducida por «Secretos de la salud y la longevidad de los japoneses» (1713).^[1]​ Aparte de estas obras publicó también un estudio sobre la botánica del Japón, Yamato Honzo, considerada la obra que inauguró esta ciencia en su país.^[1]​

Sus obras completas están recogidas en la compilación Ekken zenshu, 8 volúmenes. (Tokio, 1910–1911).

• Dazaifu engi jinja (Historia del santurario Dazaifu ).^[3]​
• Jingikun (Lecciones de las deidades).^[3]​
• Onna daigaku (Mayor aprendizaje para la Mujer), c. 1729.^[4]​
• Shinju Heiko aimotorazaru ron (Tratado sobre la no divergencia de Shinto y el confucianismo).^[3]​
• Yamato honzō" (hierbas medicinales de Japón) de 1709.
• Yamato sōhon (Gramíneas de Japón).^[5]​
• Yōjōkun (El libro de la vida nutritiva Principios), 1713.^[5]​

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