Entre 1918 y 1921 asistió a la escuela primaria de Anykščiai, en 1921-1925 a la escuela secundaria de Anykščiai, en 1925-1928 asistió al Gimnasium Ukmergė, del que fue expulsado por publicar la revista procomunista "Jaunystės akordai". A partir de 1928 continuó sus estudios en el Gimnasium Panevėžio, y aprobó sus exámenes finales en el Gimnasium Rokiškio. En 1929 ingresó en la Universidad Vytautas Magnus Facultad de Tecnología. En 1929-1934 fue detenido y encarcelado en la prisión de Šiauliai. En 1934-1935 hizo el servicio militar en las Fuerzas Armadas de Lituania. En 1935-1937 continuó sus estudios en la universidad, pero no los terminó.

En 1937, fue castigado por el comandante militar de Kaunas por su participación en actividades estudiantiles antiestatales y cumplió su condena en el campo de trabajo de Pravieniškės. En 1934, comenzó a colaborar en la prensa, escribiendo para las publicaciones "Lietuvos žinios", "Kultūra", "Karys", "Dienovidis", y otras,^[1]​^[2]​

Entre 1926 y 1928 fue miembro del LKJS, y entre 1928-1940 miembro del LKP. En 1937, por encargo del Comité Central del CKP, se instaló en Estocolmo (Suecia) como corresponsal en el extranjero del periódico "Lietuvos žinios". En 1937-1939, estudió en la Facultad de Humanidades de la Escuela Superior de Estocolmo, y medió en los contactos del LKP con Zigmu Angarietis en Moscú. Al mismo tiempo, en "Lietuvos žinios" y "Dienovydy" O. Breivė bajo el seudónimo de Breivė imprimía publicaciones antibolcheviques. Entre abril y diciembre de 1939, en Estados Unidos recogió donaciones para las actividades comunistas en Lituania. A principios de 1940 vivía de nuevo en Estocolmo.

Tras la ocupación de Lituania, ayudó a hacerse con los activos del Ministerio de Asuntos Exteriores, que estaba siendo liquidado. Entre junio y agosto de 1940. Director del Departamento Político del Ministerio de Asuntos Exteriores de la LSSR a finales de 1940 - [junio de 1941, jefe adjunto de la Junta de Asuntos Artísticos. A finales de 1940 - principios de 1941 - Secretario de la Comisión para la Repatriación de Lituanos de las regiones de Klaipėda y Suvalkiai. Durante la ocupación alemana vivió en Vilna, trabajó en "Lietūky". Detenido en agosto de 1943, interrogado por la Gestapo. En 1944-1945 fue miembro de la comisión encargada de determinar las consecuencias de la ocupación en la LSSR.

De 1945 a 1948 fue director de la Biblioteca de la Academia de Ciencias de Lituania. Diciembre de 1945-enero de 1946 con Povilas Pakarklis Karaliaučius y colaboradores, buscó y llevó a Vilnius importantes materiales en lengua lituana. En 1946 se graduó en la Universidad de Vilnius. En 1947-1949 fue profesor en la Instituto de Artes de Vilna, jefe del Departamento de Historia del Arte. En 1948 defendió su tesis como candidato a ciencias históricas.

En 1948-1951 y 1956-1972 fue subdirector del Instituto de Historia, en 1951-1956 fue degradado a investigador junior por razones ideológicas. De 1950 a 1972 enseñó en la Universidad de Vilna, 1958 profesor asociado, 1968 profesor. 1960-1980, Jefe del Sector de Historia del Feudalismo del Instituto de Historia, 1980-1984, Investigador Senior-Consultor, 1984-1991. En 1963 defendió su tesis doctoral en historia "El establecimiento del Baudjava en Lituania". La obra publicada sobre la base de la disertación se considera uno de los mayores logros de la enseñanza de la historia lituana en los años de posguerra.

Miembro de los consejos de redacción de "Fuentes de la historia de la RSS de Lituania" (vol. 1, Vilna, 1955) y "La historia de la RSS de Lituania" (vol. 1-4, Vilna, 1957-1975; "La historia de la RSS de Lituania desde los primeros tiempos hasta 1957", Vilna, 1958). Junto con otros, escribió libros de texto de historia lituana para las escuelas (1957-1973). Presidente del Presidium de la rama lituana de la Sociedad de Amistad URSS-RDA en 1960-1976. Desde 1968, miembro de la Academia de Ciencias de Lituania. Miembro de la National Geographic Society. En los años de posguerra, escribió sobre temas históricos y culturales en la revista "Mokslas ir gyvenimas", el semanario "Literatūra ir menas" y otras publicaciones. Miembro del consejo de redacción de la Enciclopedia Soviética Lituana y jefe de la sección de historia de dicha enciclopedia en la LSSR.

• Labas rytas: vadovėlis Amerikos lietuvių jaunimui. – Brooklyn, N.Y.: Lietuvių darbininkų susivienijimas, 1939. – 96 p.
• Reakcinis bažnytinių jurisdikcijų vaidmuo Vilniaus istorijoje. – Vilnius: Valstybinė politinės ir mokslinės literatūros leidykla, 1951.
• Kaip bažnyčia Lietuvoje gynė išnaudotojų interesus. – Vilnius, 1954. – 48 p.
• Vilnius – Tarybų Lietuvos sostinė: LTSR 15 metų jubiliejui. – Vilnius: Valstybinė politinės ir mokslinės literatūros leidykla, 1955. – 17 p.
• Kauno įgulos kareivių sukilimas 1920 metais. – Vilnius, 1955. – 71 p.
• Lietuvos TSR istorijos šaltiniai. T. 1: Feodalinis laikotarpis. – Konstantinas Jablonskis, Juozas Jurginis, Povilas Pakarklis, Juozas Žiugžda. – Vilnius: Valstybinė politinės ir mokslinės literatūros leidykla, 1955. – 613 p.
• Vilnius – Tarybų Lietuvos sostinė / Juozas Jurginis, Vladislavas Mikučianis. – Vilnius: Valstybinė politinės ir mokslinės literatūros leidykla, 1956. – 173 p.: iliustr.
• Kazimieras Lyščinskis – ateizmo pradininkas Lietuvoje. – Vilnius, 1957. – 52 p.
• Lietuvos TSR istorija: vadovėlis vidurinėms mokykloms. – Kaunas: Valstybinė pedagoginės literatūros leidykla, 1957. – 173 p.: iliustr.
• 1905 m. revoliucijos įvykiai Vilniuje. – Vilnius: Valstybinė politinės ir mokslinės literatūros leidykla, 1958. – 147 p.: iliustr.
• Pasėdžiai ir jų reikšmė Lietuvos valstiečių feodalinių prievolių istorijoje. – Vilnius, 1958. – 18 p.
• Šiurpus Lietuvos istorijos puslapis. – Vilnius: Valstybinė politinės ir mokslinės literatūros leidykla, 1958. – 78 p.
• Lietuvos meno istorijos bruožai. – Vilnius: Valstybinė grožinės literatūros leidykla, 1960. – 492 p.: iliustr.
• Aušros vartai. – Vilnius: Valstybinė polititinės ir mokslinės literatūros leidykla, 1960. – 44 p.: iliustr.
• Baudžiavos įsigalėjimas Lietuvoje. – Vilnius: Valsybinė politinės ir mokslinės literatūros leidykla, 1962. – 342 p.
• Mikalojus Katkus. – Vilnius: Valstybinė grožinės literatūros leidykla, 1963. – 281 p.: iliustr.
• Lietuvių karas su kryžiuočiais: straipsnių rinkinys (redagavo). – Vilnius: Mintis, 1964. – 354 p.: iliustr.
• Renesansas ir humanizmas Lietuvoje. – Vilnius: Vaga, 1965. – 286 p.
• Lietuvos TSR istorijos bruožai (redagavo). – Kaunas: Šviesa, 1965. – 142 p.
• Apie totorių, lietuvių ir maskvėnų papročius / Mykolas Lietuvis (vertė Ignas Jonynas, parengė). – Vilnius: Vaga, 1966. – 137 p.
• Gedimino laiškai (parengė Vladimiras Pašuta ir I. Štal, ats. red. Juozas Jurginis, vertė M. Ročka). – Vilnius, 1966.
• Kazimiero teisynas (1468 m., Acta historica Lituanica, I, vertė Augustinas Janulaitis ir Juozas Jurginis). – Vilnius: Mintis, 1967. – 34 p.
• Vilniaus miesto istorija nuo seniausių laikų iki Spalio revoliucijos / Juozas Jurginis, Vytautas Merkys, Adolfas Tautavičius. – Vilnius: Mintis, 1968. – 394 p.
• Apie žemaičių, kitų sarmatų bei netikrų krikščionių dievus / Jonas Lasickis, paruošė Juozas Jurginis. – Vilnius: Vaga, 1969. – 100 p.
• Nansenas: biografinė apysaka. – Vilnius: Vaga, 1969. – 223 p.: iliustr.
• Istorija ir poezija: kultūros istorijos etiudai. – Vilnius: Vaga, 1969. – 344 p.
• Lietuvos TSR istorija: VII–IX klasėms. – Kaunas, 1970. – 107 p.: iliustr.
• Legendos apie lietuvių kilmę. – Vilnius: Vaga, 1971. – 198 p.
• Lietuvos pilys (ats. red. Juozas Jurginis, dail. Kostas Katkus). – Vilnius: Mintis, 1971. – 304 p.: iliustr.
• Lietuvos TSR istorija: mokymo priemonė VII–IX klasėms. – Kaunas, 1972. – 109 p.: iliustr.
• Pagonybės ir krikščionybės santykiai Lietuvoje. – Vilnius: Mintis, 1976. – 126 p.: iliustr.
• Pasmerkimas: pasakojimas apie Kazimierą Liščinkskį. – Vilnius: Vaga, 1976. – 150 p.
• Lietuvos pramonė ikisocialistiniu laikotarpiu / Kazimieras Meškauskas, Malvina Meškauskienė, V. Puronas, Juozas Jurginis. – Vilnius: Mintis, 1976. – 477 p.: iliustr.
• Lietuvos valstiečių istorija: nuo seniausių laikų iki baudžiavos panaikinimo. – Vilnius: Mokslas, 1978. – 249 p.
• Lietuvos kultūros istorijos bruožai (feodalizmo epocha iki aštuoniolikto amžiaus) / Juozas Jurginis, Ingė Lukšaitė. – Vilnius: Mokslas, 1981. – 344 p.: iliustr.
• Kraštas ir žmonės: Lietuvos geografiniai ir etnografiniai aprašymai (XIV–XIX a.) / Juozas Jurginis, Algirdas Šidlauskas. – Vilnius: Mokslas, 1983. – 224 p.: iliustr.
• Medininkų pilis. – Vilnius: Mintis, 1984. – 47 p.: iliustr.
• Istorija ir kultūra: kultūros pažangos apybraižos. – Vilnius: Mintis, 1984. – 229 p.
• Kankiniai ir šventieji: legendos ir tikrovė. – Vilnius: Mintis, 1984. – 69 p.
• Raganų gaudymo šimtmetis. – Vilnius: Mokslas, 1984. – 164 p.
• Lietuvos krikštas: feodalinės visuomenės socialinės ir kultūrinės raidos studija. – Vilnius: Mokslas, 1987. – 330 p.
• Kelionių novelės. – Vilnius: Vaga, 1988. – 436 p.
• Kraštas ir žmonės: Lietuvos geografiniai ir etnografiniai aprašymai (XIV–XIX a.) / Juozas Jurginis, Algirdas Šidlauskas. – 2-asis leidimas. – Vilnius: Mokslas, 1988. – 262 p.: iliustr. – ISBN 5-420-00168-3
• Tėvynės pažinimas: istorijos apybraižos. – Kaunas: Šviesa, 1989. – 215 p. – ISBN 5-430-00538-X
• Livonijos kronikos / Henrikas Latvis, Hermanas Vartbergė (iš lotynų k. vertė ir parengė Juozas Jurginis). – Vilnius: Mokslas, 1991. – 222 p. – ISBN 5-420-00466-6
• Lietuvių epas: didvyriai, karvedžiai, kunigaikščiai (dail. Aušra Lisauskienė). – Kaunas: Šviesa, 1992. – 189 p.: iliustr. – ISBN 5-430-01363-3
• Susitikimas tėvų namuose: gyvosios istorijos reportažas. – Vilnius: Baltijos spaudos ir prekybos b-vė, 1999. – 120 p. – ISBN 9986-964-01-6
• Gedimino palikuonė – Švedijos karalienė: LDK saulėlydžio studija. – Vilnius: Briedis, 2009. – 111 p.: iliustr. – ISBN 978-9955-26-260-2