Fue fundada en 1942 bajo el título de Junta Permanente de Semana Santa de Salamanca con el objetivo de engrandecer la Semana Santa. Entre sus primeros objetivos estuvieron recuperar las tradiciones que por aquellos tiempos se habían perdido en las celebraciones de la Semana Santa salmantina, como eran el Acto del Descendimiento o la Procesión del Resucitado.^[1]​

Las cofradías firmantes del acta fundacional fueron la Vera Cruz, Jesús Nazareno, Jesús Rescatado, La Soledad y el Cristo de la Agonía. Las cofradías que fueron creándose después de 1942 se han ido integrando en el órgano rector. Las cofradías del Cristo del Amparo, N. P. Jesús de la Promesa y el Cristo de las Batallas también formaron parte de la Junta de Semana Santa hasta que cesaron sus actividades durante la década de 1970.

En 1995 cambió sus estatutos, adaptados al nuevo Código de Derecho Canónico, y estructura pasando a denominarse Junta de Cofradías, Hermandades y Congregaciones de la Semana Santa de Salamanca, y a ser asociación pública de fieles. La nueva organización pasó a tener un presidente laico elegido por las cofradías, según el anterior reglamento anterior el presidente era el obispo de la diócesis. A raíz de los cambios, la Hermandad del Cristo del Amor y de la Paz abandonó la Junta de Semana Santa. Con la nueva estructura se sanearon las cuentas, se diseñó el escudo actual de la junta, se consiguieron las declaraciones de Interés Turístico Regional y Nacional y se colaboró con el Ayuntamiento de Salamanca en la declaración de Interés Internacional. También a partir de este momento se inició el programa de restauración de las imágenes de las distintas cofradías y se recuperó la edición de la revista Christus.^[2]​

La Hermandad del Cristo del Amor y de la Paz volvió a ingresar en el organismo en 2005, con lo que la totalidad de las hermandades existentes forman parte de la Junta.^[3]​ Durante el periodo que estuvo desvinculada, la gestión de los permisos necesarios para el desfile procesional de esta hermandad la hacía ella misma ante el Ayuntamiento de Salamanca. A efectos formales, el Ayuntamiento concedía los permisos como si de una manifestación política se tratase.

Un nuevo cambio de estatutos, realizado en 2016, le dio su denominación actual.^[4]​En 2017, coincidiendo con su 75 aniversario, recibió la Medalla de Oro de la ciudad, junto al equipo de baloncesto Perfumerías Avenida.^[5]​

Los actos más importantes organizados por la Junta de Semana Santa son el Vía Crucis de la Junta en la Catedral,^[6]​ el Pregón de Semana Santa,^[7]​ la celebración del día del Cofrade,^[8]​ la convocatoria del Concurso Fotográfico y edición del Cartel Anunciador de la Semana Santa (en colaboración con el Ayuntamiento de Salamanca),^[9]​ la publicación de la revista Christus, oficial de la Semana Santa,^[10]​ y la representación del Miserere de Doyagüe, recuperada en 2013,^[11]​ que desde 2018 se celebra en la Catedral.^[6]​