Nacido en Santafé, en el Virreinato de la Nueva Granada, durante el siglo XVI.

El 12 de mayo de 1572, Vergara actuando como director inició la construcción de la catedral sentó la primera piedra basado en los planes que él mismo había trazado, mientras que la labor de cantería fue dirigida por Antonio Moreno Dajubita.^[4]​^[5]​ La ceremonia de inicio de construcción contó con la presencia del presidente de la Real Audiencia de Santafé de Bogotá, Andrés Díaz Venero de Leyva, así como de oidores, cabildantes, miembros del clero, nobles y otras figuras destacadas de la ciudad.^[6]​^[7]​

Sin embargo, en 1574, la obra fue suspendida debido a la falta de fondos, lo que resultó en una edificación inconclusa y con deficiencias La catedral carecía de sacristía y dependencias, y su única torre, ubicada en el extremo sur de la fachada, apenas llegó a construirse parcialmente.

A pesar de estas limitaciones, la estructura sentó las bases para la actual Catedral Primada de Colombia, que posteriormente fue concluida y reformada por el arquitecto Fray Domingo Petrés en el siglo XVIII.

A lo largo de su historia, la catedral fue objeto de varias modificaciones y reconstrucciones. Finalmente, el actual edificio fue diseñado por Fray Domingo de Petrés y construido entre 1807 y 1823, en el mismo lugar donde anteriormente se habían erigido tres catedrales sucesivas. En 1902, el papa León XIII le otorgó el título honorífico de Primada de Colombia a través del Decreto de la Congregación Consistorial. Posteriormente, debido a su importancia histórica, arquitectónica y cultural, fue declarada Monumento Nacional mediante el Decreto 1.584 del 11 de agosto de 1975.^[8]​

1. ↑ Camilo Pardo Umaña: «Las Catedrales de Bogotá». Boletín de Historia y Antigüedades, Nº 396 – 397. Vol. XXXIV, p. 698. Bogotá, 1947.
2. ↑ «Vergara, Juan de (Maestro Mayor)». Arte Colonial. 3 de mayo de 2011. Consultado el 12 de febrero de 2025. 
3. ↑ Juane59 (17 de junio de 2016). «SPOLIARIUM-MACELLUM BLOG DE MONCADA MEJÍA S.A.S.: CATEDRAL PRIMADA BASÍLICA METROPOLITANA DE LA INMACULADA CONCEPCIÓN DE MARÍA EN BOGOTÁ». SPOLIARIUM-MACELLUM BLOG DE MONCADA MEJÍA S.A.S. Consultado el 13 de febrero de 2025. 
4. ↑ Espectador, El (15 de mayo de 2024). «ELESPECTADOR.COM». ELESPECTADOR.COM. Consultado el 12 de febrero de 2025. 
5. ↑ «Catedral Primada: patrimonio religioso nacional | Señal Memoria». www.senalmemoria.co. Consultado el 12 de febrero de 2025. 
6. ↑ Amírola, Eugenio de Llaguno y (1829). Noticias de los arquitectos y arquitectura de España desde su restauracion, 3. Imprenta Real. Consultado el 12 de febrero de 2025. 
7. ↑ https://unimonserrate.edu.co/wp-content/uploads/2024/10/Libro-Catedral_TEOLOGIA_HISTORIA-Y-ARTE.pdf.  Falta el |título= (ayuda)
8. ↑ «La Catedral Primada | Archivo de Bogotá». archivobogota.secretariageneral.gov.co. Consultado el 12 de febrero de 2025.