Juan de Salcedo nació en Nueva España (actual México). Se unió a su abuelo en 1564 en la conquista de las Filipinas que encabezara Miguel López de Legazpi, llegando a las Indias Orientales en 1565. En 1569 acompañó a Martín de Goiti en la conquista de Manila, donde libraron varias batallas contra los gobernantes musulmanes y destruyeron el reino musulmán en 1570-1571.

Las leyendas populares locales y un relato escrito por Felipe Cepeda, el ayudante de Salcedo,^[1]​ que regresó a Acapulco, cuentan que Kandarapa, una princesa local de Tondo, fue objeto de los amores de Juan. Esto habría tenido lugar después de la conquista española de Luzón con la ayuda de mexicanos y visayanos. Salcedo, que entonces tenía unos 22 años, se enamoró de la princesa, sobrina del gobernante Lakandula de Tondo.^[2]​ Según la leyenda, Kandarapa se bautizó bajo el nombre de Dolores y se casaron, aunque no pudieron vivir juntos mucho tiempo debido a las constantes obligaciones de Salcedo en expediciones lejanas, y tras una de ellas la princesa murió de corazón roto al creer rumores de que Salcedo le había sido infiel con otra princesa indígena, Lucía.^[3]​

Durante la asedio de Manila de 1574, Goiti luchó contra la invasión de 3000 chinos piratas de Limahong, que tomaron las poblaciones de Santiago y la ciudad de Manila por el año 1574. En estas tomas resultaron muertos la mayoría de los españoles, entre ellos Martín de Goiti. Los españoles contraatacaron entonces, llevando refuerzos de Vigan y Cebú bajo el mando de Juan de Salcedo, quien logró apoderarse de las poblaciones y obligó a Limahong con sus fuerzas a retirarse a Pangasinan, donde reorganizó sus tropas. Salcedo le persiguió hasta Pangasinan, donde mantuvo sitiado a Limahong por tres meses, aunque el pirata y algunos de sus

Durante los años posteriores exploró las regiones del norte de Filipinas, especialmente la isla de Luzón, fundando varias ciudades. Murió de fiebre el 11 de agosto de 1576 en su casa de Vigan, en Ilocos Sur .^[4]​