En 1545, Juan de Matienzo colaboraba con Diego de Cubillas en el Palacio de Valsaín bajo la dirección de Alonso de Covarrubias.^[1]​

En 1550, se comprometió a hacer, en unión de Pedro Vallejo, la arquería alta y baja del patio del Palacio de Valsaín, según condiciones firmadas por Gaspar de Vega.^[2]​

En 1554, traza la Iglesia de Nuestra Señora de la Asunción de Calabazas de Fuentidueña (Segovia).^[3]​

En 1575, es requerido para tomar parte en los destajos del Monasterio de El Escorial (Madrid). Inicialmente tomará como compañero a su hermano, Diego de Matienzo, pero finalmente acometerá los trabajos con Juan de Bocerraiz, tocándoles en suerte "el pilar primero que cae a la parte del norte con sus correspondencias como van del pórtico sobre la mano izquierda en la partida de Pedro de Tolosa".^[4]​

En 1605, Juan de Matienzo fallece en Segovia.^[4]​

Entre las obras en las que participó, se encuentran las que se enumeran a continuación:

• Palacio de Valsaín.
• Iglesia de Nuestra Señora de la Asunción de Calabazas de Fuentidueña (Segovia).
• Monasterio de El Escorial (Madrid).
• Iglesia de San Pedro Apóstol de Bernardos (Segovia).
• Iglesia de Nuestra Señora de Melgar de Perosillo (Segovia).
• Iglesia de San Juan Bautista de Fuentes de Cuéllar (Segovia).
• Iglesia de San Nicolás de Bari de Fuentepiñel (Segovia).

• Villalpando Martínez, Manuela (1952). «Notas para un diccionario de artistas segovianos del siglo XVI». Estudios Segovianos (Instituto Diego de Colmenares) (TOMO IV): Páginas 59-160. ISSN 0210-7260. 

• Esteban Molina, Jorge (2014). «Las reformas arquitectónicas del siglo XVI en la antigua iglesia de San Pedro de Íscar (Valladolid)». Boletín del Seminario de Estudios de Arte y Arqueología (Universidad de Valladolid) (Nº 80): Páginas 61-84. ISSN 1888-9751. 

• Moreno Alcalde, María (1989). «La portada de Santa María de Fuentepelayo (Segovia)». Anales de Historia del Arte (Universidad Complutense de Madrid) (Nº 1): Páginas 73-89. ISSN 1988-2491. 

• González Echegaray, María del Carmen (1925). Artistas cántabros de la edad moderna : su aportación al arte hispánico: (diccionario biográfico-artístico). Universidad de Cantabria. ISBN 978-84-87412-58-5. 

• Casaseca Casaseca, Antonio (1988). Rodrigo Gil de Hontañón (Rascafría, 1500 - Segovia, 1577). Junta de Castilla y León. ISBN 978-84-7846-000-7. 

• Moreno Alcalde, María (1990). La arquitectura gótica en la Tierra de Segovia. Obra Social y Cultural de la Caja de Ahorros y Monte de Piedad de Segovia. ISBN 978-84-505-9825-4. 

• Cortón de las Heras, María Teresa (1997). La construcción de la Catedral de Segovia (1525-1607). Obra Social y Cultural de la Caja de Ahorros y Monte de Piedad de Segovia. ISBN 978-84-89711-09-9. 

• Cuéllar Lázaro, Juan (2007). Fuentidueña: comunidad de villa y tierra. Alcobendas: Real del Catorce, S.L. ISBN 978-84-935572-4-9. 

• Información sobre el Monasterio de El Escorial en la web oficial de Patrimonio Nacional