Nacido en Madrid, a los quince años ingresó en el convento de trinitarios descalzos de la villa, en el que profesó el año siguiente. Estudió Filosofía en Valladolid y Teología en la Universidad de Salamanca, en la que fue catedrático de Durando hasta 1693, fecha en la que se trasladó a Madrid para oficiar como predicador en la corte del rey Carlos II. En 1703 fue elegido ministro provincial de su orden, y en 1704 vicario general.^[1]​^[2]​

Al estallar la Guerra de sucesión española tomó partido por los borbónicos, lo que le valió que el rey Felipe V le presentara para regir la diócesis de Almería. Recibió la consagración episcopal en 1705 de manos del patriarca de Indias Pedro Portocarrero.^[3]​

Dos años después fue promovido a la diócesis de Córdoba, que había quedado vacante por la muerte del cardenal Salazar.^[4]​^[2]​

Enfermo de perlesía desde hacía varios años, murió en Córdoba el 1 de enero de 1712 a los 63 años de edad. Fue sepultado en la capilla de Villaviciosa de la catedral de Córdoba.^[5]​

• Sánchez de Feria, Bartolomé (1772). Palestra Sagrada, o Memorial de Santos de Córdoba IV. Córdoba. pp. 449-450. 
• Gómez Bravo, Juan (1778). Catálogo de los obispos de Córdoba II. Córdoba. pp. 748-756. 
• VV.AA. (1849). Biografía eclesiástica completa II. Madrid. pp. 907-909. 
• López Martín, Juan (1999). La Iglesia en Almería y sus obispos I. Almería. pp. 580-589. ISBN 84-8108-192-2. 
• Pujana Ascorbeitia, Juan (2020). «Juan Bonilla y Vargas». Diccionario biográfico español.