Juan Nakpil nació el 26 de mayo de 1899 en Quiapo, en Manila. Sus padres fueron Julio Nakpil, un compositor, y Gregoria de Jesús, una de las heroínas de la revolución filipina y viuda de Andrés Bonifacio.

Después de graduarse de la escuela secundaria, estudió ingeniería civil en la Universidad de Filipinas durante dos años a partir de 1917.^[2]​

Posteriormente estudió en Estados Unidos y Francia con la ayuda económica de su tío Ariston Bautista y Lin. En 1922 recibió su licenciatura en ingeniería civil de la Universidad de Kansas. En 1925 se licenció en arquitectura en la École des Beaux-Arts de París y en 1926 obtuvo una maestría en arquitectura en la Universidad de Harvard.^[2]​

Después de regresar a Filipinas, trabajó como arquitecto asistente para la Oficina de Obras Públicas. En 1928, Nakpil empezó a trabajar para el estudio de arquitectura de Andrés Luna de San Pedro. En 1930, Nakpil abrió su propio estudio de arquitectura.^[3]​ En 1953 el nombre de la agencia fue cambiado a "Juan F. Nakpil and Sons" luego de que se unieran sus tres hijos.^[4]​ En 1970, la oficina fue nombrada estudio de arquitectura del año.

Además de su trabajo como arquitecto, Nakpil también fue conferenciante y profesor de arquitectura. Fue profesor en el Instituto Tecnológico de Mapúa durante tres años y en la Universidad de Santo Tomás durante cinco años.

Nakpil murió en 1986, dos semanas y media antes de cumplir 87 años.

Nakpil estuvo casado desde 1927 con Anita Agoncillo, Miss Filipinas en 1926,^[5]​ y tuvo cinco hijos con ella: Ariston, Francisco, Eulogio, Annie y Edith.

Nakpil diseñó muchos edificios famosos en Filipinas, como el altar del Congreso Eucarístico Internacional en 1939.^[3]​ Algunas de las obras más importantes de Nakpil son el Edificio Gerónimo de los Reyes, el Edificio Magsaysay, Rizal Theater (construido en los '60 y demolido a finales de los '80),^[6]​ Capitol Theater, Edificio Capitán Pepe, Manila Jockey Club, Edificio Rufino, Hotel Philippine Village, Quezon Institute, Biblioteca de la Universidad de Filipinas y el Monumento a José Rizal en Calambá.^[7]​

Nakpil recibió numerosos premios por su trabajo.

• "Arquitecto del Año" en 1939, 1940 y 1946.
• Medalla de Oro al Mérito del Instituto de Arquitectos en 1950.
• Caballero de la Legión de Honor en Francia (1955).
• Medalla Presidencial al Mérito otorgada por el presidente Ramon Magsaysay (1955).
• Premio Rizal Pro Patria (1972).
• Artista Nacional de Filipinas, declarado por el presidente Ferdinand Marcos (1973).^[1]​

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• «Juan Nakpil: The Father of Philippine Architecture» en YouTube.
• «These Once Glorious Manila Structures Were Designed by National Artists» en createphilippines.com.