En 1890 obtuvo una beca del gobierno de Uruguay que le permitió viajar a Europa. Instalado en Roma fue alumno del escultor Ettore Ferrari y de Ercole Rosa en el Real Instituto de Bellas Artes.

Regresó a Uruguay en 1896 y estableció su propio taller.

Pasó a vivir a Buenos Aires. En 1915 se instaló nuevamente en Roma.

Entre las obras de Ferrari cabe destacar los siguientes monumentos públicos:

• Monumento a Juan Antonio Lavalleja, inaugurada en Minas (1902).
• Monumento a la Batalla de Las Piedras, inaugurada en la ciudad del mismo nombre (1911).
• Monumento al Ejército Libertador del General San Martín, realizado por encargo del Gobierno de la Provincia de Mendoza (Argentina), inaugurado en el Cerro de la Gloria, en los Andes (1914).
• Monumento al Ejército de Los Andes, en la Provincia de Mendoza.
• La Pirámide de la Paz de abril de 1872 declarada Monumento Histórico Nacional en 1992 ubicada en la Plaza de los Treinta y Tres Orientales, Ciudad San José de Mayo (Uruguay).

• Artes visuales en Uruguay; diccionario crítico, Nelson Di Maggio. Montevideo, 2013.
• Tomo II: Plásticos uruguayos, compilado por la Biblioteca del Poder Legislativo, 1975
• Juan Manuel Ferrari, 1874-1916: diciembre 1974, Montevideo, Uruguay. (Exposición de homenaje) Comisión Nacional de Artes Plásticas.

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