Inició su trayectoria política en el ámbito municipal. En las elecciones locales de 1987 fue elegido concejal del Ayuntamiento de Arcos de la Frontera por Alianza Popular. En los comicios de 1991 encabezó la candidatura del Partido Popular, formación con la que obtuvo mayoría simple y fue investido alcalde, cargo que ocupó hasta 2003, tras imponerse en tres municipales consecutivas.

Entre 1989 y 1996 ejerció como presidente provincial del Partido Popular en Cádiz y formó parte de la dirección regional de dicho partido. ^[3]​En las elecciones generales de 1996 fue elegido senador por la provincia de Cádiz. Posteriormente, en las elecciones autonómicas de 2000, obtuvo escaño como diputado en el Parlamento de Andalucía, representación que renovó en 2004. Durante su etapa como alcalde, fue miembro del Consejo Federal de la Federación Española de Municipios y Provincias.

Tras retirarse de la política, ejerce de médico en su clínica, J. M. Armario S.L, ubicada en la localidad serrana de Arcos de la Frontera, provincia de Cádiz (Andalucía, España).

1. ↑ «Armario:“Posiblemente se ha antepuesto la economía a la realidad del virus”». vivarota.es. Consultado el 3 de mayo de 2025. 
2. ↑ Información, Andalucía (19 de diciembre de 2014). «El PP brinda un emotivo homenaje al exalcalde Juan Manuel Armario». Andalucía Información. Consultado el 6 de agosto de 2025. 
3. ↑ «Ficha del Senador | ARMARIO VÁZQUEZ, JUAN MANUEL | Senado de España». www.senado.es. Archivado desde el original el 21 de febrero de 2015. Consultado el 6 de agosto de 2025.