Nace en 1959 en Arcos de la Frontera, del seno una familia de médicos, del que más tarde llegaría él a serlo. Realizó sus estudios de Medicina General en la Universidad de Cádiz, comenzando en el ámbito político siendo concejal en el Ayuntamiento de Arcos de la Frontera, cargo que desempeñó desde 1987 a 1991, año en que fue elegido alcalde de su pueblo natal hasta 2003.

En septiembre de 1989 fue elegido presidente del Partido Popular en la provincia de Cádiz,^[1]​ cargo que ocupó hasta las municipales de 1996,^[2]​ en el mismo año fue elegido Senador electo por dicha provincia de Cádiz en la IV legislatura desde 1996 a 2000, donde en tal año fue elegido Diputado del Parlamento Andaluz, cargo que desempeñó hasta 2004, siendo revalidado hasta su cese en 2005. Por último fue miembro del Consejo de la Federación Española de Municipios y Provincias.

Juan Manuel Armario entra en la alcaldía de Arcos tras haber ganado el PP las elecciones por mayoría absoluta, obteniendo 10 concejales, mientras que el Partido Socialista Obrero Español consigue 8, e Izquierda Unida 2. Siendo cesado Jesús Ruíz Fernández alcalde de Arcos de la Frontera.

En las municipales de 1995 el Partido Popular vuelve a ganar, consiguiendo la mayoría de los votos obtenidos, con 11 concejales, mientras que el PSOE obtiene 9 e Izquierda Unida se queda con 1 concejal. Siendo reelegido alcalde de Arcos de la Frontera por segunda vez en el consistorio.

En las municipales de 1999 el partido Popular vuelve ganar por mayoría absoluta, con un concejal mas, mientras que el PSOE obtiene los mismos concejales, otros como Izquierda Unida o el Partido Andalucista no obtienen ningún concejal, siendo reelegido en la alcaldía por tercera vez.

En las municipales de 2003, deja su cargo en el consistorio de Arcos tras ganar el Partido Popular con 10 concejales, mientras que otros como el Partido Socialista Obrero Español, se quedaron a nada con 9 concejales, Izquierda Unida con 2, y el Partido Andalucista no obtuvo resultado, siendo investida Pepa Caro Gamaza como la primera alcaldesa en la historia del municipio serrano.

1. ↑ «El Partido Popular brinda un emotivo homenaje al exalcalde Juan Manuel Armario». andaluciainformacion.es. Consultado el 1 de marzo de 2025. 
2. ↑ España, Senado de. «Juan Manuel Armario en el Senado». Consultado el 1 de marzo de 2025.