Realizó su formación en gran parte en instituciones en Argentina, en Lovaina y en La Sorbona.^[1]​

• Círculo hermenéutico
• Diferencia entre credo e ideología
• Opción por los pobres
• Cristología desde el punto de vista de los pobres
• Eclesiología y teología del Concilio Vaticano II
• Desarrollo dogmático como proceso de deuteroaprendizaje (con Gregory Bateson)

• Existencialismo, filosofía y poesía, Espasa Calpe Mexicana, México, 1948.^[2]​
• Berdiaeff. Une Réflexion chrétienne sur la Personne. (Una reflexión cristiana sobre la Persona). Ed. Aubier, Paris 1963 (Col. Théologie 53)
• Teología abierta para el laico adulto, (5 Vols.) Ed. Carlos Lohlé, Buenos Aires. En Colaboración con el Centro Pedro Fabro de Montevideo: I.Esa comunidad llamada Iglesia (1968); II.Gracia y Condición humana (1969); III.Nuestra idea de Dios (1970); IV.Los Sacramentos hoy(1971); V Evolución y Fe (1983-84)
• De la Sociedad a la Teología, (Cuadernos Latinoamericanos 2) Ed. C. Lohlé, Buenos Airess, 1970
• Teología abierta para el laico adulto(1971)
• Qué es un cristiano. Etapas precristianas de la Fe. Concepción cristiana del Hombre, Ed. Mosca Hnos. Montevideo 1971, 128 pp. [La parte sobre el Nuevo Testamento tiene su origen en conferencias dadas en 1962 en la Universidad de la República del Uruguay].
• Masas y Minorías en la Dialéctica divina de la Liberación, (Cuadernos de Contestación Polémica) Editorial La Aurora, Buenos Aires 1973, [Conferencias dictadas en las Cátedras Carnahan, Instituto Superior Evangélico de Educación Teológica Isedet 1972]
• Acción pastoral latinoamericana: sus motivos ocultos, Ed. Búsqueda, Bs. As. 1972
• Liberación de la Teología (Cuadernos Latinoamericanos 17) Ed. Carlos Lohlé, Bs. As.
• El Hombre de Hoy ante Jesús de Nazareth, (3 Vols): I. Fe e Ideología;II/1. Historia y Actualidad. Sinópticos y Pablo ; II/2 Historia y Actualidad. Las Cristologías en la Espiritualidad. Ed. Cristiandad, Madrid, 1982
• Teología Abierta3 Vols.(Col. Senda Abierta 3,4 y 5) Ed. Cristiandad, Madrid 1983-1984: I. Iglesia - Gracia ; II. Dios, Sacramentos, Culpa; III. Reflexiones Críticas.
• Teología de la Liberación: Respuesta al Cardenal Ratzinger Ed. Cristiandad, Madrid 1985
• El Dogma que libera. Fe, revelación y magisterio dogmático. (Col. Presencia Teológica 53) Ed. Sal Terrae, Santander 1989
• ¿Qué Mundo? ¿Qué Hombre? ¿Qué Dios? (Col. Presencia Teológica 72), Ed. Sal Terrae, Santander 1993
• El Caso Mateo. Los comienzos de una ética judeo-cristiana, (Col.: Presencia Teológica 74), Ed. Sal Terrae, Santander 1994
• El Infierno. Un diálogo con Karl Rahner Prólogo de Elbio Medina. Coeditado por Ed. Trilce, Montevideo y Lohlé-Lumen Bs. As. 1998.

Desde 1960 colaboró en numerosas publicaciones periódicas. Entre ellas, en Uruguay el semanario "Marcha", los "Cuadernos de Marcha", los "Cuadernos Latinoamericanos de Economía Humana", la revista "Víspera", los "Cuadernos Uruguayos de Filosofía" y el diario "Época"; la revista "Mensaje" de Chile, la "Revista Interamericana de Sociología" de Colombia, "Concilium" de Holanda y "Études" de Francia.

• Bojorge, Horacio (2000). Teologías deicidas: El pensamiento de Juan Luis Segundo en su contexto. Encuentro. ISBN 9788474906028. 
• Verdugo, Fernando (2003). Relectura de la salvación cristiana en Juan Luis Segundo. Estudio de las mediaciones culturales subyacentes a su soteriología de los años ochenta. Colección: Anales de la Facultad de Teología LIV, Pontificia Universidad Católica de Chile, Santiago. 

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• Página del "Grupo de Lectores de Juan Luis Segundo"