Amaya se inició futbolísticamente en Jorge Newbery, de su ciudad natal. En el equipo del sur tucumano tuvo un gran rendimiento, sin embargo no pudo coronarlo con títulos.^[2]​

A mitad de la década del 50 llegó a se mudó a San Miguel de Tucumán, para sumarse a Atlético Tucumán.^[2]​ En 1957 se consagró campeón tucumano, cortando una racha de 5 años sin campeonatos anuales para la institución.^[3]​ El año 1957 fue el inicio de una de las épocas doradas del club y en 1958 y 1959 se coronó campeón anual nuevamente. El título más importante que consiguió fue el Campeonato de Campeones de la República Argentina.^[4]​^[5]​^[6]​^[7]​^[8]​

Después del campeonato nacional con el decano, Amaya se traslada a la ciudad de Rosario, para jugar en Newells en 1960.^[2]​^[9]​^[10]​^[11]​^[12]​^[13]​ En su primer año con la lepra perdió la categoría y descendió, pero al año siguiente se coronaría campeón de la segunda categoría, aunque las autoridades anularon el ascenso del equipo rosarino, en una polémica decisión.^[14]​^[15]​^[16]​^[17]​^[18]​ 1961 también fue el año en que Newells se enfrentó al Santos de Pelé.^[19]​^[20]​^[21]​^[22]​^[23]​^[24]​^[25]​^[26]​