Juan Guillermo nació en el municipio de Carmen de Apicala en el departamento del Tolima. Allí empezó a jugar fútbol e hizo parte del equipo de su colegio. Sin embargo, cuando Juan tenía 11 años, sus papás decidieron irse a vivir a Bogotá, la capital de Colombia. Allí, entró en la escuela de Independiente Santa Fe en el 2004, y en el 2009, entró en las divisiones inferiores del cuadro albirrojo. Con mucho trabajo, el tolimense subió al equipo profesional.

A mediados del año 2012, Pedroza debutó como futbolista profesional en un partido válido por la Copa Colombia y en liga debutó con Santa Fe en 2013 en un partido contra el Deportivo Cali. Gracias a sus buenas actuaciones con el equipo sub-20 de Santa Fe, Pedroza empezó a entrenar con el plantel profesional, e hizo parte de la nómina cardenal que llegó a la final del Torneo Apertura de ese mismo año. Pedroza además, hizo parte de la nómina ganadora del Torneo Finalización del 2014 cuando Santa Fe ganó su octava estrella.

A mediados del 2015, Pedroza dejó a Santa Fe, y se fue a jugar a La Equidad otro equipo de Bogotá, donde jugó un año y posteriormente se retira del fútbol profesional.

• Ficha en Life Fútbol Selección Bogotá
• Entrevista de El Nuevo Día. http://www.elnuevodia.com.co/nuevodia/deportes/188352-un-canterano-pijao-que-escalo-al-profesionalismo