Nacido en 1955 en Barcelona,^[1]​ es catedrático en la Universidad Complutense de Madrid. Fuentes ha sido autor de varias obras sobre la historia contemporánea y el socialismo en España, entre las que se incluyen estudios biográficos de José Marchena,^[2]​ Francisco Largo Caballero,^[3]​ Luis Araquistáin^[4]​ o Adolfo Suárez.^[5]​ Ha colaborado con Javier Fernández Sebastián, con quien ha escrito una Historia del periodismo español^[6]​ y codirigido un Diccionario político y social del siglo XX español.^[7]​

Fue nombrado miembro de la Real Academia de la Historia en 2024.^[8]​

• José Marchena: biografía política e intelectual (Crítica, 1989).^[2]​
• (Coautor: Javier Fernández Sebastián) Historia del periodismo español. Prensa, política y opinión pública en la España contemporánea (Editorial Síntesis, 1997).^[6]​
• Luis Araquistáin y el socialismo español en el exilio (1939-1959) (Biblioteca Nueva, 2002).^[4]​
• Largo Caballero: el Lenin español (Síntesis, 2005).^[9]​^[10]​^[3]​
• El fin del Antiguo Régimen (1808-1868). Política y sociedad (Síntesis, 2007).^[11]​
• Adolfo Suárez: biografía política (Editorial Planeta, 2011),^[12]​^[5]​
• Con el rey y contra el rey. Los socialistas y la Monarquía (La Esfera, 2016).^[1]​

• Álvarez Tardío, Manuel (2012). «Juan Francisco Fuentes: Adolfo Suárez. Biografía política». Revista de Estudios Políticos (CEPC) (158): 209-214. ISSN 0048-7694. 
• Blas Guerrero, Andrés de (16 de julio de 2011). «Adolfo Suárez La historia que no se contó». El País. 
• Canal, Jordi (2010). «Javier Fernández Sebastián y Juan Francisco Fuentes (dirs.), Diccionario político y social del siglo XX español». Mélanges de la Casa de Velázquez (Casa de Velázquez) 40 (2): 225-228. ISSN 2173-1306. 
• Fernández Sirvent, Rafael (2008). «Del ¡Viva Fernando VII! al ¡Abajo los Borbones!». Historia Constitucional: Revista Electrónica de Historia Constitucional (9): 401. ISSN 1576-4729. 
• Jackson, Gabriel (2006). «El mito, explicado». Revista de Libros (Fundación Caja Madrid) (115-116): 20-21. ISSN 1137-2249. Archivado desde el original el 11 de enero de 2017. Consultado el 10 de enero de 2017. 
• La Parra López, Emilio (mayo de 2003). «El giro político de Luis Araquistáin». Revista de Libros (Fundación Caja Madrid) (77). ISSN 1137-2249. Archivado desde el original el 12 de enero de 2017. Consultado el 10 de enero de 2017. 
• Ledesma Vera, José Luis (2007). «Juan Francisco Fuentes, Largo Caballero. El Lenin español». Mélanges de la Casa de Velázquez (Casa de Velázquez) 37 (2): 260-262. ISSN 2173-1306. 
• López, François (2010). «José Marchena y su historia literaria de España». En Armando Alberola Romá, Elisabel Larriba (ed.), ed. Las élites y la "Revolución de España" (1808-1814): estudios en homenaje al profesor Gérard Dufour. Alicante: Universidad de Alicante. pp. 293-308. ISBN 978-84-9717-086-4. 
• Núñez Florencio, Rafael (10 de junio de 2016). «Con el rey y contra el rey. Los socialistas y la Monarquía. Juan Francisco Fuentes. La Esfera. Madrid, 2016. 280 páginas». El Cultural. 
• Rojas Friend, Antonio (1997). «Fuentes, Juan Francisco y Fernández Sebastián, Javier; Historia del periodismo español: prensa, política y opinión pública en la España contemporánea.». Historia y Comunicación Social (UCM) (2): 330-331. ISSN 1137-0734. 
• Ruiz-Manjón, Octavio (21 de abril de 2005). «Largo Caballero: el Lenin español. Juan Francisco Fuentes. Síntesis. Madrid, 2005. 432 páginas, 23’50 euros». El Cultural. 
• —— (25 de febrero de 2011). «Adolfo Suárez. La historia que no se contó. Juan Francisco Fuentes Aragonés. Planeta. Barcelona 2011. 496 páginas, 24'90 euros». El Cultural.