Juan Carlos quedó huérfano de muy pequeño, criándose en el Reformatorio de la localidad de Marcos Paz, provincia de Buenos Aires. Allí aprendió a correr largas distancias, entrenado por Alejandro Stirling. En 1939 se filmó una película sobre este momento de su vida, Y mañana serán hombres, dirigida por Carlos Borcosque.

Zabala corrió su primera maratón en 1931. Su mejor presentación la realizó en los Juegos Olímpicos de Los Ángeles 1932 en la jornada del 7 de agosto de 1932 disputando la maratón. A 4 km del final, se escapó para terminar en solitario aventajando en 20 segundos a Samuel Ferris de Gran Bretaña, consiguiendo la medalla de oro con un tiempo de 2 horas 31 minutos y 36 segundos.

Posteriormente participó de los Juegos Olímpicos de Berlín 1936 donde obtuvo el 6º puesto en 10 000 m luego de abandonar la competición y no poder defender su título de campeón olímpico y fue el abanderado de la delegación nacional en la ceremonia de inauguración de estos juegos.

• Montevideo, Uruguay: 8:44,2 en 3.000 m llanos, el 8 de mayo de 1931.
• Buenos Aires, Argentina: 14:55,8 en 5.000 m, el 30 de abril de 1932.
• Stuttgart, Alemania: 30:56,2 en 10 000 m, el 21 de mayo de 1936.

Sobre una distancia de 10 km, estuvo siempre entre los diez mejores del ranking mundial. En 1931, fue 4º con 31:19.0, que encabezaban los finlandeses Paavo Nurmi y Volmari Iso-Hollo y el argentino José Rivas. En 1933, fue 10º, con 31:38.2. En 1936, 6º, con 30:56.2

• 1980: Premio Konex de Platino (Deportes-Atletismo)
• 1980: Diploma al Mérito -Atletismo-

Desde 2018, una calle en la Villa Olímpica de la Juventud en Buenos Aires lleva su nombre.^[1]​

Juan Carlos falleció en San Isidro, provincia de Buenos Aires, el 24 de enero de 1983 a los 71 años.

Intérprete

• Campeón a la fuerza (1950)

• 17-9-1932 Zabala gana la maratón en Los Ángeles, por Félix Frascara para El Gráfico
• Juan Carlos Zabala el misterioso maratonista argentino
• Juan Carlos Zabala Biography