Juan Carlos quedó huérfano de muy pequeño, criándose en el Reformatorio de Marcos Paz. Allí aprendió a correr largas distancias, entrenado por Alejandro Stirling. En 1939, se filmó una película sobre este momento de su vida, Y mañana serán hombres de Carlos Borcosque. Boda, Juan Carlos Zabala, con la danesa Elsa Buck en Berlín, Alemania, 31 de marzo de 1937.

Zabala corrió su 1.ª maratón en 1931.

Sus mejores presentaciones las desarrolló en Los Ángeles en los Juegos Olímpicos en la jornada del 7 de agosto de 1932 disputando la maratón. A 4 km del final, se escapó para terminar en solitario aventajando en 20 s a Samuel Ferris de Gran Bretaña, consiguiendo el oro olímpico, con un tiempo de 2 horas 31 minutos y 36 segundos, haciendo ondear la bandera Argentina en lo más alto del mástil mayor del estadio.

Participó de los Juegos Olímpicos de Berlín 1936 donde obtuvo el 6º lugar en 10 000 m luego de abandonar la competición y no poder defender su título de Campeón Olímpico y fue el abanderado de la delegación de su país en la ceremonia de inauguración de estos juegos.

• Montevideo, Uruguay: 8:44,2 en 3.000 m llanos, el 8 de mayo de 1931.
• Buenos Aires, Argentina: 14:55,8 en 5.000 m, el 30 de abril de 1932.
• Stuttgart, Alemania: 30:56,2 en 10 000 m, el 21 de mayo de 1936.

Sobre una distancia de 10 km, estuvo siempre entre los diez mejores del ranking mundial. En 1931, fue 4º con 31:19.0, que encabezaban los finlandeses Paavo Nurmi y Volmari Iso-Hollo y el argentino José Rivas. En 1933, fue 10º, con 31:38.2. En 1936, 6º, con 30:56.2

• En 1980: Deportes Premio Konex de Platino Atletismo
• En 1980: Deportes Diploma al Mérito Atletismo

Desde 2018, una calle en la Villa Olímpica de la Juventud en Buenos Aires lleva su nombre.^[1]​

Juan Carlos falleció en San Isidro Buenos Aires, en la sala 3 de clínica médica, del antiguo hospital de San Isidro. Al 24 de enero de 1983, a los 71 años. Los enfermeros y médicos que acompañaron en sus últimos momentos lo honraron por sus logros.

Intérprete

• Campeón a la fuerza (1950)

• 17-9-1932 Zabala gana la maratón en Los Ángeles, por Félix Frascara para El Gráfico
• Juan Carlos Zabala el misterioso maratonista argentino
• Juan Carlos Zabala Biography