Nacido en Punta Alta, provincia de Buenos Aires, Cobos se trasladó a La Plata en su niñez, donde completó estudios técnicos en un colegio industrial. Su inclinación hacia la música lo llevó a estudiar guitarra y canto en un conservatorio local.^[2]​

A los 17 años, debutó con el Cuarteto Lucini de La Plata, y posteriormente se unió a la orquesta del pianista Ernesto Darío Saborido. Más tarde, integró la orquesta dirigida por Alberto Forti y Jorge Parodi, cantando junto a Jorge Miranda. En ese período Cobos usó el nombre artístico Alberto Ortiz.^[2]​

A partir de 1951, el cantor Jorge Vidal abandonó la Orquesta Típica Osvaldo Pugliese siendo reemplazado por Alberto Morán. En 1953, Pugliese decidió incorporar a otro cantor y organizó una selección. Motivado por sus amigos, Cobos se presentó y fue elegido tras algunas pruebas, comenzando en marzo de ese año con su nombre artístico definitivo: Juan Carlos Cobos.^[2]​

Durante su breve pero significativa participación en la orquesta de Pugliese, Cobos grabó siete temas entre mayo de 1953 y mayo de 1954.^[3]​^[4]​

• Caminito soleado, interpretada a dúo con Alberto Morán
• Milonguera (José María Aguilar). Este tema se convirtió en su gran éxito
• Olvidao (Guillermo Barbieri, Enrique Cadícamo)
• Es preciso que te vayas (Juan Carlos Cobián, Celedonio Flores)
• Picaneao (Héctor Baldi, Enrique Cadícamo)
• No es más que yo (Luis Mandarino, Enrique Dizeo)
• Te aconsejo que me olvides (Pedro Maffia, Jorge Curi)

En un homenaje realizado en 1985 en Canal 9, Osvaldo Pugliese destacó a Cobos como uno de los pocos cantores que se adaptaron profundamente al estilo de su orquesta, junto con Roberto Chanel y Alberto Morán.^[3]​

Juan Carlos Cobos falleció el 10 de noviembre de 1999 en La Plata.^[1]​^[3]​