Ordenado sacerdote en Goa, fue uno de los misioneros jesuitas enviados al Japón, donde fue encarcelado y ejecutado durante la persecución del cristianismo desencadenada en la década de 1610 formando parte de los 205 mártires de Japón que fueron beatificados por el papa Pio IX en 1867, y en la actualidad se encuentra en curso su proceso de canonización. A pesar del culto popular que existió en torno a la figura de la venerable Margarida de Chaves, conocida localmente como santa Margarida de Chaves, Juan Bautista Machado es hasta la actualidad el único natural de Azores que merece ser puede en los altares por ahora como beato.

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• João Baptista Machado en la Enciclopédia Açoriana (enlace roto disponible en Internet Archive; véase el historial, la primera versión y la última).
• João Baptista Machado en Encarta.mx
• Mártires do Japão lembrados nos Açores
• João Baptista Machado en la obra del padre António Francisco Cardim