De familia militar, ingresó en los servicios secretos españoles en 1980 (entonces se llamaba CESID, actualmente es el CNI), donde participó en numerosos eventos de la época de la transición española y los primeros gobiernos democráticos. Tras el intento de golpe de Estado del 23 de febrero de 1981 se convirtió en la mano derecha de Emilio Alonso Manglano cuando este fue nombrado director del CESID.^[3]​ Participó en el desmantelamiento de la conspiración golpista para el 27 de octubre de 1982.^[3]​ También participó en la lucha contra ETA.^[4]​

En 1984 el general Manglano había puesto en marcha un gabinete de escuchas que mediante un potente escáner barría el espacio radioeléctrico e interceptaba y grababa conversaciones de teléfonos móviles. El responsable de interceptar, grabar, escuchar y destruir lo no relevante era el Coronel Perote, quien no siguió las órdenes e interceptó conversaciones no autorizadas y tampoco las destruyó.^[5]​

Entre los espiados de la época había ministros como Francisco Fernández Ordoñez, el presidente del Real Madrid Ramón Mendoza o el empresario José María Ruiz-Mateos. Aunque al principio se negó, parece que incluso se llegaron a gabar conversaciones privadas del rey Juan Carlos I.^[5]​ Pero lo más delicado eran las pruebas recopiladas por Perote del GAL en la época del gobierno de Felipe González.^[3]​

En diciembre de 1989 Perote, entonces Jefe de la Unidad Operativa del CESID y "número 2" de la organización, fue destituido tras la publicación por la revista Tiempo de unas fotografías festivas tras la caída del dictador rumano Nicolae Ceaușescu. El exagente se llevó entonces documentos fotocopiados y microfichas del CESID que fueron publicados en 1995 por el diario El Mundo y utilizados por el exbanquero Mario Conde con el objetivo de chantajear al Gobierno de Felipe González.^[6]​^[7]​ Se estima que Perote se llevó unos 1.200 documentos secretos.^[1]​^[7]​

El 12 de junio de 1995 el diario El Mundo publicó una noticia titulada "El CESID lleva más de diez años espiando y grabando a políticos, empresarios y periodistas". Tras aportar pruebas de esa noticia, el 15 de junio de 1995 dimitió Manglano como director del CESID^[8]​ (llevaba 14 años al mando); el 29 del mismo mes dimitía el vicepresidente Narcís Serra y el ministro de defensa Julián García Vargas.

En 1998 el Tribunal Supremo confirmó la pena de 7 años de cárcel por revelación de secretos o informaciones relativas a la seguridad y defensa nacional.^[1]​ En 2002 el Tribunal Europeo de Derechos Humanos estableció que no tuvo un juicio justo y condenó al gobierno español a indemnizarle.^[5]​ Aún así Perote litigó para que le reconociera su condición de militar, sus títulos y condecoraciones^[7]​; cosa que no logró tras serle rechazada de manera definitiva en 2024.^[5]​