ha-Kohen nació en 1496 en Aviñón, Francia, de padres que habían sido expulsados de España. A la edad de cinco años, emigró con su familia a Génova, Italia, debido a la expulsión de los judíos de Provenza.^[1]​ En 1516, su familia se vio obligada a mudarse a Novi, y aproximadamente dos años después se casó con Paloma, hija del rabino de Bolonia, Abraham ben Moshe Ha-Kohen. En 1538, ha-Kohen regresó con su familia a Génova, donde ejerció como médico, al igual que su padre. La pareja tuvo tres hijos y dos hijas, sin embargo, dos de los hijos fallecieron en un breve período bajo circunstancias trágicas, y más algunos años murió el tercer hijo.

Cuando los médicos judíos se vieron obligados a abandonar Génova en 1550, ha-Kohen se instaló con su familia en Voltaggio, donde continuó ejerciendo la medicina. Cuando los judíos fueron expulsados de la provincia de Génova, la familia se trasladó a Costellato (Montferrat), pero en 1971 Hacohen regresó a Génova y vivió allí hasta su muerte, probablemente durante 1577/8.^[2]​ Estuvo involucrado en la liberación de cautivos judíos después de las algunos guerras del Mediterráneo (en la región de Turquía, Grecia, Italia y Túnez) durante las décadas de 1530 y 1540 .

Yosef ha-Kohen adquirió una amplia formación tanto en estudios judíos tradicionales como en humanidades y ciencias. A lo largo de su vida, escribió numerosas obras hebreas sobre diversos temas, así como cartas y poemas, la mayoría de los cuales se han conservado solo en manuscritos.

Yosef ha-Kohen estaba interesado en muchos campos, incluida la medicina, la historia y la política, la ciencia, la lengua y la literatura.

Una de sus obras más conocidas en el ámbito histórico-político es "Crónicas de los reyes de Francia y de los reyes de los Otomanos "(דברי הימים למלכי צרפת ולמלכי בית אוטומאן התוגר), completada en 1553 e impresa ese mismo año en Sabbioneta.^[3]​ En la introducción, escribió que contiene: "La mayoría de las dificultades que nos han sobrevenido en las tierras de los gentiles desde el día del exilio de Judá hasta hoy", "Las guerras de los reyes de los gentiles que lucharon en la tierra de Judá y Jerusalén" y "las expulsiones de Francia y España". Sin embargo, esta obra no describe solo eventos de la historia judía, sino muchos otros de la historia de su tiempo, tanto de toda Europa como del Imperio Otomano. Los eventos del libro están escritos en orden cronológico, en un hebreo rico y de estilo bíblico.

Otra obra histórica que escribió es el libro Emeq ha-bakha (עמק הבכא), que describe la historia del pueblo de Israel desde la destrucción del Segundo Templo y se centra en las adversidades y tribulaciones que experimentaron los judíos a lo largo de la historia.^[4]​ El autor completó esta obra en 1557, pero circuló en manuscritos y se imprimió en Viena en 1852. El libro alcanzó gran notoriedad en el mundo judío durante la edad moderna, y existían comunidades en Italia que acostumbraban leerlo durante Tishá BeAv.

De hecho, salvo estas dos obras, los escritos de ha-Kohen permanecieron manuscritos y no se imprimieron (excepto los publicados en ediciones académicas en la segunda mitad del siglo XX ). Estas obras se basaban en un amplio conocimiento de las diversas áreas de interés del autor, así como en libros que leyó en hebreo, español, italiano, latín y posiblemente en otros idiomas.

• Despierta a los durmientes (מקיץ נרדמים), escrito alrededor de 1546, es un tratado médico cuya parte principal es una lista de recetas para diversas dolencias.^[5]​ Su primera parte se basa en la obra del médico Sefardí Meir Alguadish,^[6]​ pero el autor añadió listas latinas para la preparación de los remedios y muchas otras recetas, como remedios para la sífilis (llamada en su obra: «la enfermedad francesa»).
• Establece las fronteras de las naciones (מציב גבולות עמים), terminada en 1555, es una traducción y adaptación de la Geografía del mundo de Johannes Boemus, que incluía los tres continentes: África, Asia y Europa.^[7]​
• El Libro de la nueva india y el libro de Fernando Cortés (ספר האינדיאה החדשה וספר פירנאנדו קורטיש), traducción y adaptación de las dos partes de la obra del español Francisco López de Gómara, que describe en detalle la conquista española de América. La obra se completó en 1557.^[7]​
• Explicación de palabras desconocidas para nosotros (ביאור מלות לא נודעו אצלינו) – un breve glosario de palabras y términos originarios de las lenguas indígenas de México.^[8]​
• La escala de nombres (פלס השמות), probablemente terminado en 1561, es un glosario alfabético de nombres y conceptos hebreos de la Biblia.^[1]​
• Una carta del estudio (אגרת לימוד), una obra terminada en 1567 y que incluye una lista de varias fórmulas para saludos y direcciones, destinada a los escritores de cartas.^[1]​

• Pilar Leon Tello (trans.) ʻEmeq ha-bakha' de Yosef ha-Kohen: estudio preliminar, trad. y notas par Pilar Leon Tello Madrid 1964
• El valle del Llanto (Emeq ha-bakha): crónica hebrea del siglo XVI / Yosef ha-Kohen, introducción, traducción y notas por Pilar Leon Tello. Biblioteca Nueva Sefarad v. 13. Barcelona: Riopiedras Ediciones, 1989
• Ana María Riaño López El manuscrito de Ha-Kohén. Granada, 2002. ISBN 84-89739-43-9
• Karin Almbladh (ed.) Sefer Emeq ha-Bakha: The vale of tears: with the chronicle of the anonymous Corrector /Joseph ha-Kohen; introd., critical ed., comments by Karin Almbladh, Uppsala 1981
• Robert Bonfil, "Chi era Ludovico Carretto, apostata?" in: Guido Nathan Zazzu (Ed.), E andammo dove il vento ci spinse. La cacciata degli ebrei dalla Spagna. (Genova: Marietti, 1992), 51-58
• Abraham David (ed.). The letters of Joseph ha-Kohen: the author of Emeq ha-bakha. Jerusalem 1985.
• Martin Jacobs, " Joseph ha-Kohen, Paolo Giovio, and Sixteenth-Century Historiography", in Cultural Intermediaries: Jewish Intellectuals in Early-Modern Italy, ed. David B. Ruderman, Giuseppe Veltri (Philadelphia: University of Pennsylvania Press, 2004), 67-85.
• Martin Jacobs, " Migración sefardí y transferencia cultural: La expansión otomana y española desde una perspectiva judía del Cinquecento ", Journal of Early Modern History 21, no. 6 (2017), pp.516-542.
• Mintz-Manor Limor, The Discourse on the New World in the Early Modern Jewish Culture (hebreo con draducción inglés),Thesis (Ph.D.) Hebrew University of Jerusalem, 2011.
• Amnon Raz-Krakotzkin, The censor, the editor, and the text: the Catholic Church and the shaping of the Jewish canon in the sixteenth century. University of Pennsylvania Press, 2007.
• Avraham David (ed.), Un historiador en tormentas espirituales: La imagen y el carácter del historiador Yosef HaCohen, autor de Emek Bacha, reflejado en una colección de sus cartas personales, editado y corregido con introducción y notas de Avraham David (en hebreo). Jerusalén: Beit David, 2004.

• Todas las obras de Yosef HaCohen, en el catálogo de la Biblioteca Nacional de Israel