Realiza sus primeros estudios en su ciudad natal, donde tuvo por maestro a José Zaragoza. En 1671, con 18 años, marcha a Roma donde es discípulo del obispo D. fray Juan Caramuel y Lobkowitz.

En mayo de 1673 Chafrion es ayudante de Ingeniero Mayor del ejército en el estado de Milán, tiene fama de insigne físico-matemático, y defiende públicamente su tesis de fin de estudios en el Collegio Romano de la Orden de los Jesuitas en la ciudad de Roma.

Durante 1682 asistió a Caramuel en sus últimos días y este le dejó en herencia su copiosa biblioteca.

Sirve al Rey Carlos II de España en el estado de Milán aproximadamente entre los años 1684 y 1691, primero en tanto que Capitán del Tercio de la Mar de Nápoles y, desde septiembre de 1686, como Capitán del Tercio de Lombardia. Más tarde como Capitán de Corazas.

En enero de 1688 fue requerido por los jurados de la ciudad de Valencia para que realizase una planta del puerto del Grao.

En septiembre de 1688 estalla la guerra de los nueve años entre Francia y el Ducado de Saboya. En 1690 José Chafrion es herido en la batalla de Stafarda; también estará presente en la demolición de la fortaleza de Guastalla, capital del Ducado de Guastalla, y en el sitio del Casale Monferrato.

El año 1691 es nombrado edecán o ayudante del gobernador del estado de Milán, Diego Dávila Mesía y Guzmán, III Marqués de Leganés, el cual estará en el cargo entre 1691 y 1698.

Hacia 1693 es nombrado Ingeniero Mayor en Cataluña con el grado de Maestre de Campo de infantería y cuartel-maestre general.

La guerra continua, y Chafrion se encontrará en la batalla del Ter, 26 de mayo de 1694, también conocida como Batalla de Torroella, y en todas las demás acciones militares en Cataluña contra el ejército francés.

En 1696 se firma el Tratado de Turin (1696).

Suyo es el informe técnico a Carlos Adrián de Sucre e Ives (Familia Sucre), Marqués de Preux, de 6 de agosto de 1697, recomendando rendir la ciudad de Barcelona a las tropas francesas durante el Sitio de Barcelona. La decisión final la tomó D. Diego Hurtado de Mendoza y Sandoval, conde de la Corzana y Virrey de Cataluña.

La guerra terminará en septiembre de 1697 con el Tratado de Rijswijk.

Murió en Barcelona el 10 de julio de 1698, a los 45 años de edad, y fue sepultado en la capilla de la Virgen de los Dolores del convento de Nuestra Senora del Buen Suceso de la Orden de los Servitas. Su ataúd fue llevado en hombros por cuatro generales.

• 1685 Carta de la Rivera de Génova con sus verdaderos confines y caminos
• 1685 Topografía de Liguria dedicado al Excelentísimo Señor Conde de Melgar, Gobernador y Capitán General del Estado de Milán
• 1687 La Sabbioneta
• 1687 Planta de las Fortificaciones de las Ciudades, Plazas y Castillos del Estado de Milán
• 1693 Escuela de Palas, o sea Curso mathemático
• 1695 Diseño del Baluarte de Tierra delante del Portal de Tallers en Barcelona
• Planta del Cuartel de Ostalric

• 1678 Architectura civil recta y obliqua [1]
• 1687 La Sabbioneta di D. Joseph Chafrion, Milán, 1687 de Luciano Roncai
• 1685 Mappa Geographica Status Genuensis: ex subsidiis recentissimis praecipue vero ex maiori mappa du Chafrion [2]
• A chorographical map of the King of Sardinia's dominions, on 12 sheets taken from the famous map of Borgonio, with many additions and improvements
• A chorographical map of the territories of the Republic of Genoa, on 8 sheets taken from the celebrated Spanish map of that country by Andrew Dury
• 1687 Plantas de las fortificaciones de las ciudades, plazas y castillos del estado de Milán
• Plan des defences de la ville de Genes contre la violence des Autrichiens : qui en formerent le siege immédiatement àpres l'emeutte populaire du 5. décembre 1746, et qui à duré sans aucune succés de leurs part; jusqu'a ce jour 10. juillet 1747
• Mapa geographica statvs Genvensis ex subsidiis recentissimis prcipue vero ex majori mappa du Chafrion. Carta geográfica, la quale rappresenta lo stato della repvblica di Genova : partita nella Riviera di Levante et di Ponente
• Carte topographique des Etats de la Republique de Gènes suivant l'original
• A chorographical map of the King of Sardinia's dominions, on 12 sheets taken from the famous map of Borgonio, with many additions and improvements
• 1693 Escuela de Palas ò sea Curso mathematico : Tomo I [-II] : dividido en XI tratados que contienen la arithmetica, geometría especulativa, practica, lugares planos, dados de euclides, esphera, geographia, álgebra numerosa, y especiosa, trigonometria, y logarithmica, y últimamente el arte militar, donde se proponen, y dibuxan con primor las construcciones de los authores famosos antiguos, y modernos. Se explica con facilidad la fortificación regular, irregular, y manera de delinear todas sus parters sobre el torreno. Se discurre con claridad de la forma de marchar, acampar, aloxar, y aquartelar los exercitos. Se describe, y pinta la artillería, morteros, fuegos, y quanto se necessita para atacar, y defender las plazas. Se enseña con brevedad el modo de mandar, y executar los exercicios militares de la Infantería Española. Es obra curiosa, y provechoca para la nobleza, y militares. Sale la primera vez enrriqueda de muchas, y primorosas laminas. [3]
• 1691 Descripción de las fortificaciones de las ciudades, plazas y castillos del estado de Milán, como se hallan el año presente 1691, y con el parecer como devieran de estar, del thiniente de maestre de campo general D. Joseph Chafrion

• Batalla de Staffarda
• Fortificaciones del Estado de Milán [4] [5]
• Castillo de Hostalric [6] Archivado el 26 de enero de 2016 en Wayback Machine.
• Convent del Bonsuccés [7]
• Convento de los Padres Servitas [8]
• Conde de la Corzana [9]