Es hijo de Maggie Moss, una analista de relaciones públicas, marketing y ejecutiva, y Paul Hayes Tucker, restaurador-conservador, escritor y profesor universitario, que es un experto en Claude Monet e impresionismo francés.^[1]​ El padre de Tucker es irlandés estadounidense y católico, y su madre judía.^[2]​ Se crio en el barrio irlandés de Charlestown, en Boston, y asistió a la Park School, en Brookline (Massachusetts).

Tucker fue miembro del Ballet de Boston e interpretó a Fritz en una producción local de El Cascanueces, cuando estaba en tercer grado. También apareció en un calendario del Ballet de Boston. Asistió a la Escuela Secundaria Thacher en Ojai (California), donde se graduó en 2001. Se graduó de la Universidad de Columbia, donde fue aceptado para una admisión temprana.

• Y en Nochebuena se armó el belén (1994)
• Two If by Sea (1996)
• Sleepers (1996)
• Locos por la música (1998)
• Las vírgenes suicidas (1999)
• 100 Girls (2000)
• The Deep End (2001)
• The Texas Chainsaw Massacre (2003)
• Stateside (2004)
• Relative Evil (2004)
• Criminal (2004)
• Hostage (2005)
• Love Comes to the Executioner (2006)
• Pulse (2006)
• Cherry Crush (2007)
• En el valle de Elah (2007)
• The Ruins (2008)
• Veronika Decides to Die (2009)
• An Englishman in New York (2009)
• Flying Lessons (2010)
• Meskada (2010)
• The Next Three Days (2011)
• Skin (2018)
• Los ángeles de Charlie (2019)

• Edición Anterior/Early Edition (1997)
• Mr. Music (1998)
• The Practice (2001)
• Philly (2002)
• CSI: Crime Scene Investigation (2003)
• Law & Order: Special Victims Unit (2003)
• Punk'd (2003)
• Six Feet Under (2004)
• Masters of Horror (2005)
• Law & Order: Criminal Intent (2006)
• The Black Donnellys (2007)
• White Collar (2010)
• Criminal Minds (2011)
• Parenthood (2011-2012)
• Person of Interest (2012)
• Hannibal (2014)
• Justified (2015)
• Kingdom (2014-2017)
• American Gods (2017)
• Echoes (2022)

• Call of Duty: WWII (2017)

• Jonathan Tucker en Internet Movie Database (en inglés).