• The Moon in the Pines (2000, reimpreso en tapa blanda como Zen Haiku, 2007)
• The Anime Encyclopedia: A Guide to Japanese Animation Since 1917 (1.ª ed. 2001, 2.ª ed. 2006, 3.ª ed. 2015 con Helen McCarthy)
• The Dorama Encyclopedia: A Guide to Japanese TV Drama Since 1953 (2003, con Motoko Tamamuro)
• The Pirate King: Coxinga and the Fall of the Ming Dynasty (2004, publicado en tapa blanda como Coxinga, 2005)
• Confucius: A Biography (2004, expandido en 2.ª ed. 2017)
• A Brief History of the Vikings (2005)
• The First Emperor of China (2006, 2.ª ed. 2015)
• Wu (2007, 2.ª ed. 2014)
• Beijing: The Biography of a City (2008, 2.ª ed. como An Armchair Traveller's History of Beijing, 2016)
• Mannerheim: President, Soldier, Spy (2009)
• A Brief History of the Samurai (2010)
• Admiral Togo: Nelson of the East (2010)
• A Brief History of Khubilai Khan (2010)
• Sun Tzu's Art of War: A New Translation (2012)
• An Armchair Traveller's History of the Silk Road (2013)
• Anime: A History (2013)
• An Armchair Traveller's History of Finland (2014)
• Christ's Samurai: The True Story of the Shimabara Rebellion (2016)
• A Brief History of the Martial Arts (2016)

En 2011, se convirtió en editor colaborador de The Encyclopedia of Science Fiction 3.ª edición,^[1]​ con responsabilidad especial para las entradas en chino y japonés.

• Schoolgirl Milky Crisis blog—El blog de ensayos y noticias de Jonathan Clements
• Muramasa Industries—El sitio web oficial de Jonathan Clements a través de Internet Archive
• Jonathan Clements en Internet Movie Database (en inglés).
• Jonathan Clements en la Internet Speculative Fiction Database (en inglés).
• Entrada en la Encyclopedia of Science Fiction
• Keynote address: "Wrong About Anime" en Anifest 2012, República Checa