John William Cooke nació en La Plata el 14 de noviembre de 1919 siendo hijo de Juan Isaac Cooke y de María Elvira Lenci. Su padre era un importante dirigente de la Unión Cívica Radical, que ocupó diversos cargos políticos como el de subsecretario de gobierno de la provincia de Buenos Aires en 1922 y diputado nacional entre 1938 y 1943, siempre enrolando en el sector alvearista del radicalismo.

Hacia 1938 ingresa a la Facultad de Derecho de la Universidad Nacional de La Plata, ejerciendo al mismo tiempo como asesor de su padre, quien se desempeñaba en eso tiempos como diputado nacional. Bajo su influencia se inicia en la militancia política afiliándose a la Unión Cívica Radical, y durante la Segunda guerra mundial toma una posición de fuerte apoyo a los Aliados. Es miembro de la Juventud de la filial platense de Acción Argentina, organización frentista en la que confluyeron socialistas, radicales alvearistas y liberales, pugnando para que la Argentina saliera de la política de neutralidad. A su vez comienza a participar en la agrupación estudiantil Unión Universitaria Intransigente, junto a Juan Carlos Cornejo Linares, José Armando Caro y René Orsi, entre otros.

En un primer momento, Cooke interpreta el golpe militar de junio de 1943 como un simple movimiento cuartelero, aunque su perspectiva se modifica cuando el coronel Juan Domingo Perón comienza a ganar influencia dentro del nuevo gobierno. Su padre ocupa el cargo de Ministro de Relaciones Exteriores entre agosto de 1945 y junio de 1946, desempeñando un rol clave en la disputa diplomática y política con el embajador estadounidense Spruille Braden. Cooke actúa entonces como su principal consejero y firme defensor de la resistencia frente a las presiones de Washington. Estaba finalizando la carrera de abogacía cuando se produce la detención de Perón en la Isla Martín García en 1945, y algunos relatos sostienen que habría previsto la movilización popular del 17 de octubre de ese año.

Hacia finales de 1945, Cooke participa en la fundación y la organización de la Unión Cívica Radical Junta Renovadora. En los comicios de febrero de 1946, Cooke resulta electo diputado con apenas 25 años para el período 1946-1952. Rápidamente se convierte en uno de los legisladores más combativos en la Cámara de Diputados, llegando incluso a cuestionar en varias oportunidades al propio gobierno peronista. Se pronuncia en contra del Tratado de Chapultepec y de la Carta de las Naciones Unidas, argumentando que ambos se apoyaban “en un sofisma peligroso: el de la igualdad de los estados. Es un sofisma porque la igualdad jurídica tiene su contrafigura en la desigualdad material que suele pesar más que aquella”. Su formación en derecho le otorga un rol destacado dentro de la comisión legislativa de Asuntos Constitucionales, la Comisión Redactora del Código Aeronáutico y de la Comisión de Protección de los Derechos Intelectuales. En 1951, sus diferencias internas lo llevan a ser marginado de las listas electorales del Partido Peronista, aunque al año siguiente vuelve a sobresalir al rechazar el Congreso de la Productividad y su insistencia en que el aumento de la productividad constituía la base del progreso económico. Además consideraba que el peronismo debía transformarse en un movimiento revolucionario, y criticaba a la denominada burocracia sindical, brazo fuerte del peronismo ortodoxo, que había crecido mucho entre 1946 y 1955.^[3]​

A principios de 1951, y a instancias de Eva Perón, el presidente decidió el cierre del periódico La Prensa: el diario pertenecía a la familia terrateniente de los Gainza-Paz, y su crítica a las políticas de Perón se remontaba a sus inicios como Secretario de Trabajo del gobierno de Edelmiro Farrell. Cooke, en su rol de diputado peronista, fue seleccionado por Perón para defender en el Congreso el cierre de La Prensa. En su discurso acusó al diario de ser el vocero de una gran coalición oligárquica entre los terratenientes, los empresarios del Puerto de Buenos Aires y la United Fruit Company, que conspiraba para realizar un golpe de Estado contra el gobierno. El tono antiimperialista del discurso de Cooke llevó a que el secretario de Prensa y Difusión del gobierno de Perón, Raúl Apold, lo acusara de comunista.^[4]​^[5]​^[6]​

Durante el segundo mandato peronista, Eva Perón le propone ocupar la dirección del diario Democracia, pero Cooke rechaza el ofrecimiento al considerar que ello podía condicionar su independencia política. En paralelo, ejerce como profesor de Economía Política en la Universidad de Buenos Aires y lanza su propia revista, De Frente que se presentaba desde su portada como un “testigo insobornable de la realidad mundial”. En sus artículos cuestiona a los sectores burocráticos del sindicalismo y critica algunas decisiones oficiales, como el contrato firmado con la Standard Oil de California, consolidándose así como referente de la vertiente más radical del peronismo. Tras los bombardeos del 16 de junio de 1955, Perón lo convoca en primer lugar y le ofrece la Secretaría de Asuntos Técnicos, pero Cooke rechaza el cargo afirmando que “no es tiempo de la técnica sino de la política”. En cambio, es designado interventor del Partido Peronista en la Capital Federal, donde se encuentra con una organización corroída por la corrupción y el burocratismo. Ante la amenaza de un golpe militar, visita sindicatos y unidades básicas en un intento de ganar apoyo para su estrategia de movilización popular y resistencia armada. Esta política causa una fuerte oposición entre los militares y la dirigencia peronista, que solicitan su detención antes del golpe de estado de setiembre de 1955.

Luego de septiembre de 1955, cuando Juan Domingo Perón debió exiliarse a causa de la Revolución Libertadora, designó a Cooke como su representante en la Argentina y principal líder de la resistencia peronista entre 1955 y 1959 (año en que Cooke debió exiliarse en Cuba), mediante una carta en la que escribió:

Al Dr. John William Cooke

Buenos Aires

Por la presente autorizo al compañero doctor Don John William Cooke, actualmente preso por cumplir con su deber de peronista, para que asuma mi representación en todo acto o acción política. En este concepto su decisión será mi decisión y su palabra la mía.

En él reconozco al único jefe que tiene mi mandato para presidir a la totalidad de las fuerzas peronistas organizadas en el país y en el extranjero y sus decisiones tienen el mismo valor que las mías.

En caso de fallecimiento, delego en el doctor don John William Cooke el mando del movimiento.

En Caracas, a 2 días de noviembre de 1956.

Juan Perón.

El 20 de septiembre fue arrestado en la casa de su amigo José María Rosa. Pese a estar en prisión hasta marzo de 1957, participó activamente en la organización de los distintos grupos protagonistas de la resistencia peronista. En marzo de 1957 Cooke escapó de manera espectacular de la prisión de Río Gallegos, en compañía de otros detenidos peronistas como Jorge Antonio, Héctor José Cámpora y José Espejo, y se instaló en Chile. Instalado en Chile, las Cortes de ese país rechazan los pedidos de extradición presentados por el gobierno del general Pedro Eugenio Aramburu, lo que permite la liberación de Cooke. Allí organiza una emisora clandestina e impulsa la construcción de estructuras internas y externas para la resistencia. Perón lo designa jefe de la nueva división de Operaciones del Comando Superior Peronista, destinada a coordinar las acciones de la resistencia. Durante su estadía en Chile también recibe a enviados de Arturo Frondizi, quienes buscaban asegurar el respaldo peronista a su candidatura presidencial por la Unión Cívica Radical Intransigente en los comicios de febrero de 1958. Luego viaja a Caracas para consultar directamente a Perón, y en ese marco, en febrero de 1958, Cooke figura como signatario del pacto secreto celebrado junto con Perón, Frondizi y Rogelio Frigerio.

Posteriormente viaja a Montevideo para establecer allí una base de operaciones, y durante 1958 realiza múltiples ingresos clandestinos a la Argentina con el fin de reunirse con Frondizi y afianzar las estructuras organizativas del peronismo. La llegada de Frondizi al poder significó una apertura gradual del sistema político hacia el peronismo y modificó la posición de Cooke dentro del movimiento, ya que los dirigentes de la “línea blanda” del antiguo Consejo Superior ganaron espacio y comenzaron a intentar desplazarlo a él y a los sectores más radicalizados. Frente a esta disputa, Perón opta por reconocer la autonomía de los distintos grupos, lo que debilitó la conducción de Cooke al frente de la División de Operaciones, aunque lo siguió considerando de manera formal por encima de dichas corrientes. Ante este escenario, Cooke buscó reforzar la línea revolucionaria convocando a trabajadores y a referentes de la “línea dura” del movimiento.

En noviembre de 1958 intenta regresar en secreto al país para respaldar la huelga de los petroleros, pero es detenido en el aeropuerto y recluido en un buque-prisión hasta fines de ese año. Cuando en enero de 1959 la resistencia alcanza su punto culminante, Cooke vuelve a tener protagonismo brindando apoyo y dirección política a la huelga del frigorífico Lisandro de la Torre. Fue probablemente el momento de mayor ascendencia sobre el movimiento obrero, aunque de corta duración. Enfrentó entonces la persecución estatal y la oposición interna de dirigentes peronistas como Alejandro H. Leloir, Juan Atilio Bramuglia, Oscar Albrieu y algunos dirigentes sindicales, que llegaron a reclamar su expulsión del peronismo. El 28 de enero Rogelio Frigerio calificó la huelga como impulsada por un sector peronista “influido por el comunismo”, posición replicada por el Consejo Coordinador y Supervisor. A partir de allí prevalecieron las corrientes sindicales y políticas favorables a la conciliación y la legalidad, mientras Perón guardaba silencio ante la destitución de Cooke organizada poco después de la huelga general. Detenido durante esa protesta y forzado luego a vivir en la clandestinidad durante varios meses, Cooke, acosado por la persecución y junto a su esposa Alicia Eguren, adopta una decisión que marcaría su vida y trayectoria política: exiliarse en Cuba.

Una vez en Cuba, profundamente marcado por el triunfo de la revolución en ese país, Cooke comienza a pensar que la guerra de guerrillas podía constituir, a largo plazo, un camino para resolver las contradicciones internas del peronismo y de la sociedad argentina. Ejerce influencia en la primera experiencia de guerrilla rural de inspiración peronista en la Argentina, los Uturuncos, que actuaron brevemente en Tucumán hacia fines de 1959. Participa además en la selección de los primeros grupos de jóvenes que viajaron a Cuba para recibir instrucción militar, procurando integrar representantes de distintas corrientes políticas, con la sola exclusión del Partido Comunista argentino, opuesto al foquismo. El 17 de abril de 1961, codo a codo con los revolucionarios cubanos, pelea en la invasión de Bahía de Cochinos.^[7]​

Entre 1963 y 1964 respalda a Jorge Ricardo Masetti en la creación del Ejército Guerrillero del Pueblo en Salta, de orientación guevarista y con participación peronista. Sin embargo, su aporte principal sería ideológico. Establece una relación cercana con Ernesto Che Guevara y se impregna del marxismo cubano, al que ve como un marco teórico coherente para repensar críticamente al peronismo y sus alcances. También ayuda a consolidar en Cuba una visión distinta del peronismo, rechazando su caracterización como movimiento filo-fascista y defendiendo su carácter de fuerza de liberación nacional. Su polémica con el PC argentino resulta central en los debates de Fidel Castro con los partidos comunistas latinoamericanos sobre la estrategia foquista.

Su radicalización lo lleva a exponer diferencias con Perón en una serie de cartas en los primeros años sesenta, aunque sin cuestionar su liderazgo. En esas misivas, le pedía que se comprometiera con un proceso revolucionario y que dejara la España de Francisco Franco para radicarse en la Cuba de Castro. Cooke recién logra regresar a la Argentina en octubre de 1963, luego de la asunción presidencial de Arturo Illia, tras el levantamiento del estado de sitio. La mayoría de sus escritos publicados corresponden a este período; el más influyente, El peronismo y el golpe de Estado, analiza el derrocamiento militar de Illia de 1966 y las tareas revolucionarias que debía asumir el movimiento peronista. Esos trabajos representan la formulación más madura de una ideología peronista revolucionaria en la década del sesenta.

En 1966 y 1967 es designado por unanimidad para encabezar las delegaciones argentinas a las conferencias de la Tricontinental y la OLAS, que validaban la estrategia de la lucha armada y la guerra revolucionaria prolongada. Funda la agrupación Acción Revolucionaria Peronista junto a su esposa Alicia Eguren, que en su corta existencia sirvió como espacio de convocatoria y apoyo a militantes que deseaban entrenarse en Cuba para la guerra de guerrillas. Aunque no alcanzó cohesión suficiente para sostener un foco propio, de allí surgieron figuras como Juan García Elorrio (posterior editor de Cristianismo y Liberación), y Fernando Abal Medina junto a Norma Arrostito, futuros fundadores de Montoneros.

Cooke fallece de cáncer el 19 de septiembre de 1968, a los 48 años en el Hospital de Clínicas de la Ciudad de Buenos Aires. Según algunos testimonios, antes de morir afirmó: “Yo viviré en el afecto de los que me quisieron, pero fundamentalmente viviré en aquellos que continúan con la misma pasión con que yo lo hice, la militancia por la liberación de mi patria y la liberación de Latinoamérica. Ese será mi futuro”. ^[7]​ El 26 de septiembre de 2014 sus cenizas fueron esparcidas al Río de la Plata, tal como era su voluntad.^[8]​

"El único nacionalismo auténtico es el que busque liberarnos de la servidumbre real: ése es el nacionalismo de la clase obrera y demás sectores populares, y por eso la liberación de la Patria y la revolución social son una misma cosa, de la misma manera que semicolonia y oligarquía son también lo mismo".

"...La teoría política no es una ciencia enigmática cuya jerarquía cabalística manejan unos pocos iniciados, sino un instrumento de las masas para desatar la tremenda potencia contenida en ellas. No les llega como un conjunto de mandamientos dictados desde las alturas, sino por un proceso de su propia conciencia hacia la comprensión del mundo que han de transformar".

"La unidad es indispensable y será un paso previo al triunfo popular. Lo principal es para qué hacemos la unidad, cuáles son los objetivos cercanos (como por ejemplo las elecciones) y cuáles los grandes objetivos. Unidad para simple usufructo politiquero, no. Sí, en cambio, para dar las grandes batallas por la soberanía nacional y la revolución social. En la lucha contra el régimen llegaremos más pronto a la unidad, forjada en la acción: dentro del régimen nos esperan sólo frustraciones y derrotas, y pequeños triunfos que serán desastres".

Tal vez uno de sus escritos más conocidos sea Apuntes para la militancia (1964), donde hace un completo análisis sobre la realidad del peronismo en la época, sus principales adversarios, las relaciones de poder entre las clases sociales argentinas y las estrategias básicas para la resistencia peronista revolucionaria.

Una calle de Buenos Aires lleva su nombre.^[9]​

• Exilio de Perón
• Resistencia peronista

• Fondo Alicia Eguren - John William Cooke, abierto a la consulta pública en el Departamento de Archivos de la Biblioteca Nacional Mariano Moreno de la República Argentina.

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• En el Marxists Internet Archive está disponible una sección con obras de John William Cooke.
• Apuntes para la militancia