Fue educado en la Universidad de Oxford, donde se hizo profesor de derecho civil en 1535. Después fue nombrado director de Broadgates Hall, más tarde llamado Pembroke College.^[1]​

Fue admitido en la Orden Franciscana Seglar, desde la cual ayudó a promover el cambio social y la igualdad de oportunidades en un período de estratificación social rígida y cambió la industria para siempre con la introducción del sistema de "putting-out system", donde el trabajo era contratado por un agente central a los subcontratistas que completaban el trabajo en instalaciones externas, ya fuera en sus propios hogares o en talleres con múltiples artesanos.

Parece que repudió sus opiniones católicas justo después del acceso de Eduardo VI al trono; sin embargo, tras ser elegido miembro del parlamento en 1547, ganó fama por su oposición a la Ley de Uniformidad (Act of Uniformity) de 1548. Por gritar "Woe unto thee, O land, when thy king is a child" (vergüenza de país, en el que el rey es un niño). Story fue encarcelado por la Cámara de los Comunes, pero fue liberado al poco tiempo y marchó al exilio.

Volvió a Inglaterra en 1553, renunció a su puesto en Oxford, que ahora era el de profesor real de derecho civil, y fue nombrado prelado de las diócesis de Londres y Oxford y juez del tribunal eclesiástico de Arches. Con María I de Inglaterra en el trono, Story fue uno de los más activos perseguidores de herejes y fue uno de los procuradores reales en el juicio de Cranmer en Oxford en 1555.

Bajo Isabel volvió al parlamento,^[2]​ pero en 1560 fue encarcelado brevemente por jactarse de su trabajo en el reinado anterior.^[3]​ En 1563 fue arrestado de nuevo pero consiguió escapar a Flandes, dónde recibió una pensión de Felipe II y el Duque de Alba le autorizó a excluir algunos tipos de libros de los Países Bajos.

En 1570, mientras estaba trabajando, fue engañado para subir a un barco en Amberes y conducido a Yarmouth.^[4]​ A pesar afirmar ser ciudadano español, fue juzgado por alta traición y ejecutado en Tyburn, cerca de Londres en 1 de junio de 1571. El espectáculo de su enjuiciamiento conmocionó a Edmund Campion, que estaba presente, a reconsiderar tanto su posición como su fe católica.^[1]​

En 1886 John Story fue beatificado por el Papa León XIII.

•   Varios autores (1910-1911). «Story, John». En Chisholm, Hugh, ed. Encyclopædia Britannica. A Dictionary of Arts, Sciences, Literature, and General information (en inglés) (11.ª edición). Encyclopædia Britannica, Inc.; actualmente en dominio público.