Después de que en 1858 fura enviado a investigar diversos brotes de difteria y más tarde de cólera, en 1871 informó de que el Penicillium inhibía el crecimiento de bacterias, y por eso se le considera uno de los precursores del descubrimiento de la penicilina realizado por Alexander Fleming.^[1]​ En 1874 fue nombrado profesor de fisiología en la University College London, y en 1882 la Royal Society^[2]​ le premió con una Royal Medal en reconocimiento de sus investigaciones sobre los fenómenos eléctricos que muestran ciertas plantas y de la relación de los microorganismos con las enfermedades, y por su labor realizada en el campo de la fisiología y la patología. A lo largo de toda su carrera tuvo en contra a los antiviviseccionistas, incluyendo a E. A. Freeman, John Ruskin y el Obispo Mackarness de Oxford.

En 1899 se le concedió el título nobiliario de Baronet.^[3]​

•   Varios autores (1910-1911). «Burdon-Sanderson, Sir John Scott». En Chisholm, Hugh, ed. Encyclopædia Britannica. A Dictionary of Arts, Sciences, Literature, and General information (en inglés) (11.ª edición). Encyclopædia Britannica, Inc.; actualmente en dominio público. 

• Picture, biography, and bibliography en el Virtual Laboratory del Max Planck Institute for the History of Science