Scott nació el 25 de octubre de 1789 en Nueva York, Nueva York, de Lewis Allaire Scott y Juliana Sitgreaves. Se graduó en la Universidad de Princeton en 1805,^[1]​ y se mudó con su madre y su hermana a Filadelfia^[2]​ alrededor de 1807. Leyó derecho en la oficina de William Rawle, ^[3]​ fue admitido en el colegio de abogados de Filadelfia el 2 de septiembre de 1811, y en el colegio de abogados de la Corte Suprema de Pensilvania el 28 de diciembre de 1811.^[3]​^[4]​ Trabajó como abogado en Filadelfia.^[2]​ Sirvió como teniente en el regimiento de caballería de la ciudad de Filadelfia de la Segunda Tropa^[4]​ en Camp DuPont^[3]​ durante la Guerra de 1812.^[2]​

Era miembro del Partido Whig.^[5]​ Se desempeñó como miembro de la Cámara de Representantes de Pensilvania de 1815 a 1816, y nuevamente en 1839,^[3]​ momento en el cual se había convertido en miembro de la junta directiva del Lafayette College, en el que sirvió desde 1826 hasta 1847.^[6]​^[7]​ Sirvió varios mandatos en los Concejos Municipales Comunes y Selectos de Filadelfia^[3]​ y fue elegido presidente del Consejo Selecto de Filadelfia de 1826 a 1832.^[8]​ Fue nominado como candidato Whig a representante en el Congreso de los Estados Unidos, pero rechazó la oferta.^[9]​ Se desempeñó como miembro de la Convención Constitucional del Estado de Pensilvania de 1837 a 1838.^[3]​

Fue elegido alcalde de Filadelfia en 1841 y ocupó el cargo durante tres años.^[2]​ Fue el primer alcalde de Filadelfia en obtener el cargo mediante elección por voto popular en lugar de por nombramiento de los concejos municipales.^[10]​ Como alcalde, supervisó una época turbulenta en la historia de Filadelfia.^[9]​ Durante los disturbios de Lombard Street de 1842, los agentes de Scott y Filadelfia respondieron a la violencia racial arrestando principalmente a las víctimas negras.^[11]​ El 3 de mayo de 1843,^[12]​ sobrevivió a un intento de asesinato cuando un visitante a la oficina del alcalde le disparó por la espalda.^[9]​ Durante los disturbios nativistas de Filadelfia de 1844, Scott desplegó la milicia de Pensilvania para proteger las propiedades católicas,^[13]​ y suplicó a los alborotadores que evitaran la destrucción de la iglesia de San Agustín.^[14]​ Los manifestantes lo golpearon en el pecho con una piedra y la iglesia fue quemada.^[15]​ Scott dejó este puesto en 1844;^[2]​ murió en Filadelfia el 3 de abril de 1858 y fue enterrado en el cementerio de Laurel Hill.^[16]​

Se casó con Mary Emlen en 1817 y juntos tuvieron ocho hijos. Era nieto del abogado de la ciudad de Nueva York, John Morin Scott.^[2]​