Fue el segundo de cuatro hijos del reverendo John Kirk y su esposa Christian Guthrie Carnegie. Kirk se licenció en medicina en la Universidad de Edimburgo, presentando su tesis sobre las enfermedades funcionales del corazón. Trabajó durante un año como médico en el Hospital Real de Edimburgo antes de alistarse como voluntario para la Guerra de Crimea.

De 1858 a 1864, John Kirk, acompañado por su asistente Ali bin Saleh bin Nasser Al-Shaibani, historiador omaní residente en Zanzíbar, colaboró como botánico con David Livingstone en la expedición al Zambeze. En este viaje, visitaron la meseta de Zomba y el lago Chilwa, en la actual Malaui, y en septiembre de 1859, él y Al-Shaibani acompañaron a Livingstone por el río Shire hasta el lago Malaui, que exploraron en barco. Kirk consideró a Livingstone un líder inepto y muy inseguro.

En 1866, Livingstone emprendió desde Zanzíbar su siguiente y última expedición, para encontrar el nacimiento del Nilo. De la correspondencia posterior de Livingstone durante la expedición se desprende que Kirk permaneció en Zanzíbar y no continuó con el resto del grupo. Tras la muerte de Livingstone en 1873, Kirk y Al-Shaibani se comprometieron a continuar su labor para erradicar la trata de esclavos en África Oriental.

Kirk llegó al sur de Somalia en 1873 durante un período de gran prosperidad económica. El comercio entre los puertos como Mogadiscio y el sultanato geledi del interior floreció durante el reinado del sultán geledi Ahmed Yusuf. El propio río Shabelle fue referido como el río Geledi por Kirk, quizás en relación con el gran volumen de productos que producía el Sultanato. En Barawe, en la costa somalí, había una gran cantidad de marfil y pieles cargadas en barcos con destino a Zanzíbar. Afirmó que el sultán Ahmed Yusuf controlaba un vasto territorio que se extendía desde Mogadiscio hasta la región del río Juba.

En diciembre de 1870, Kirk asumió las funciones como cónsul interino en Zanzíbar. Kirk, junto con su asistente, Ali bin Saleh Al-Shaibani, continuó trabajando contra la trata de esclavos y, en junio de 1873, recibió instrucciones contradictorias simultáneas del gobierno británico. Por un lado, le ordenaron emitir un ultimátum al sultán Bargash, bajo amenaza de bloqueo, para que detuviera la trata y cerrara el mercado de esclavos. Por otra parte, le indicaron que no impusiera un bloqueo que pudiera interpretarse como un acto de guerra que obligara a Zanzíbar a buscar la protección francesa. Kirk solo mostró la primera instrucción a Bargash, quien capituló en dos semanas.

En agosto de 1873 fue nombrado cónsul británico en Zanzíbar, en 1875 fue nombrado cónsul en las Islas Comoras y en 1881 fue nombrado cónsul general en Zanzíbar e hizo a Al-Shaibani su asesor político, con la tarea de suavizar las tensiones entre los británicos y el sultán de Zanzíbar. Durante años negoció con el sultán Barghash, con la ayuda de Al-Shaibani, ganándose su confianza y prometiéndole ayuda para enriquecer su reino en África Oriental mediante el comercio legítimo. El sultán emitió dos decretos limitando el comercio de esclavos en 1873 y 1886, aunque no erradicó por completo la esclavitud. Por desgracia, tras la Conferencia de Berlín el gobierno británico nombró a John Kirk cónsul en Zanzíbar para que presionara al sultán. John se mostró muy incómodo en su nueva posición, defendiendo los intereses británicos en el llamado «Reparto de África».

Durante toda su vida se mostró interesado por la botánica, publicó muchos artículos sobre sus hallazgos florísticos en África Oriental. Su trabajo fue muy elogiado por los sucesivos directores del Real Jardín Botánico de Kew, como sir William Hooker, Joseph Dalton Hooker y William Thistleton-Dyer.

Estudió también la fauna de África Oriental y publicó numerosos artículos de zoología. Kirk fue el primero en llamar la atención de los zoólogos sobre el colobo rojo de Zanzíbar, también conocido como colobo rojo de Kirk, Procolobus kirkii. Recolectó numerosas aves de Zanzíbar y África Oriental. En 1892, se le atribuyó el tercer colmillo de elefante más grande entre los cazadores de trofeos de animales. Recogió numerosos especímenes de peces del lago Malawi en la expedición al Zambeze.

Fue nombrado miembro de la Royal Society en 1887 y miembro honorífico de la Sociedad Zoológica de Londres en 1888.

La cordillera Kirk, que se encuentra al oeste del río Shire y forma parte de la frontera entre Malawi y Mozambique, recibe su nombre de Kirk.

Fauna

• El colobo rojo de Zanzíbar o colobo rojo de Kirk recibió su nombre en su honor.

Flora

• «Account of the Zambezi District, in South Africa, with a Notice of Its Vegetable and Other Products», Trans. of the Botanical Soc. 1864, 8, 197-202...
• «Ascent of the Rovuma», Proc. of the Royal Geographical Soc. of London 1864-1865, 9, 284-8
• «Dimorphism in the Flowers of Monochoria Vaginalis» J. of the Linnean Soc. Botany 1865 8, 147
• «Extracts of a Letter of Dr. Kirk to Alex Kirk, Esq. Relating to the Livingstone Expedition», Report of the British Assoc. for the Advancement of Sci. (1859), 185-6
• «Hints to Travellers - Extracts from a Letter from John Kirk» J. of the Royal Geographical Soc. 1864 34, 290-2
• «Letter Dated 28 February Replying to Dr. Peters» Proc. of the Zoological Soc. of London 1865, 227
• «Letter from Dr. John Kirk (of the Livingstone Expedition), Dated H.M Ship Pioneer, River Shire, East Africa, 14 December 1861». Trans. of the Botanical Soc. 1862 7, 389-92
• «Letter from Dr. John Kirk, Physician and Naturalists to the Livingstone Expedition, Relative to the Country near Lake Shirwa, in Africa», Trans. of the Botanical Soc. 1859 6, 317-21, plancha VII
• «Letter from John Kirk to Professor Balfour» Trans. of the Botanical Soc. 1864, 8, 110-1
• «List of Mammalia Met with in Zambesia, East Tropical Africa» Proc. of the Zoological Soc. of London 1864, 649-60
• «Notes on the Gradient of the Zambesi, on the Level of Lake Nyassa, on the Murchison Rapids, and on Lake Shirwa», J. of the Royal Geographical Soc. 1865 35, 167-9
• «Notes on Two Expeditions up the River Rovuma, East Africa», J. of the Royal Geographical Soc. 1865 35, 154-67
• «On a Few Fossil Bones from the Alluvial Strata of the Zambesi Delta», J. of the Royal Geographical Soc. 1864 34, 199-201
• «On a New Dye-Wood of the Genus Cudranea, from Tropical Africa», J. of the Linnean Soc. Botany 1867 9, 229-30
• «On a New Genus of Liliaceæ from East Tropical Africa», Trans. of the Linnean Soc. 1864 24, 497-9
• «On a New Harbour Opposite Zanzibar», Proc. of the Royal Geographical Soc. of London 1866-1867 11, 35-6
• «On Musa Livingstoniana, a New Banana from Tropical Africa», J. of the Linnean Soc. Botany 1867 9, 128
• «On the "Tsetse" Fly of Tropical Africa (Glossina Morsitans, Westwood).» J. of the Linnean Soc. Zoology 1865 8, 149-56
• «On the Birds of the Zambezi Region of Eastern Tropical Africa», Ibis 1864, 6: 307-39
• «On the Palms of East Tropical Africa», J. of the Linnean Soc. Botany 1867 9, 230-5
• «Report on the Natural Products and Capabilities of the Shire and Lower Zambesi Valleys', Proc. of the Royal Geographical Soc. of London 1861-1862 6, 25-32

• Dritsas, Lawrence. 2005. «From Lake Nyassa to Philadelphia: A Geography of the Zambesi Expedition, 1858-64». British J. for the History of Sci. 38 ( 1): 35-52
• Foskett, Reginald, ed. 1965. The Zambesi Journal and Letters of Dr. John Kirk, 1858-63. Edimburgo: Oliver & Boyd
• Ferguson, Niall. 2003. Empire: How Britain Made the Modern World. Londres: Penguin Books. pp. 156, 157-8, 236-7, 239
• Liebowitz, Daniel. 1999. The Physician and the Slave Trade: John kirk, the Livingstone Expeditions, and the Crusade against Slavery in East Africa. Nueva York: W. H. Freeman & Co.
• Martelli, George. 1970. Livingstone's River: A History of the Zambezi Expedition, 1858-1864. Londres: Chatto & Windus.

• La abreviatura «J.Kirk» se emplea para indicar a John Kirk como autoridad en la descripción y clasificación científica de los vegetales.^[15]​

La abreviatura Kirk se emplea para indicar a John Kirk como autoridad en la descripción y taxonomía en zoología.

La abreviatura estándar del autor J.Kirk se utiliza para indicar a esta persona como el autor cuando se cita un nombre botánico.

• Anexo:naturalistas y epónimos

• «John Kirk». Índice Internacional de Nombres de las Plantas (IPNI). Real Jardín Botánico de Kew, Herbario de la Universidad de Harvard y Herbario nacional Australiano (eds.). 

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  •   Datos: Q1700717
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