Jonston nació en Szamotuły, Polonia pero creció en Escocia. Viajó mucho por Europa donde realizó labores de preceptor. Frecuentó las universidades de Saint Andrews, Cambridge, Laiden y Fráncfort.

Comenzó a ejercer de médico en Leiden en 1640, pero desde 1642 se dedicó a la enseñanza en Fráncfort. Volvió a Silesia en 1655.

Jonston se interesó tanto por la Medicina como por la Historia natural y sus obras disfrutaron de una gran difusión, especialmente Historia naturalis, posiblemente una de las últimas enciclopedias de este estilo en Europa. Influido por Plinio el Viejo, Aristóteles, Opiano, Conrad Gessner y Ulisse Aldrovandi, Jonston compiló obras anteriores aunque apenas aportó nada nuevo.

Su Historiae naturalis de avibus se tradujo del latín al alemán, inglés, neerlandés, francés, y fue editada hasta finales del siglo XVIII. Las láminas, firmadas por Matthäus Merian, son de una gran belleza.

• Historiae naturalis de avibus libri VI cum aeneis figuris Johannes Jonstonus,... concinnavit 1657

• Historiae naturalis de insectis libri III, de serpentibus et draconibus libri II, cum aeneis figuris, Joh. Jonstonus,... concinnavit 1657

• Historiae naturalis de piscibus et cetis libri V, cum aeneis figuris, Johannes Jonstonus,... concinnavit 1657

• Historiae naturalis de quadrupedibus libri, cum aeneis figuris, Johannes Jonstonus,... concinnavit 1657

• Dendrographias, sive historiae naturalis de arboribus et fructicibus, tam nostri quam peregrini orbis, libri decem, figuris aeneis adornati, Johannes Jonstonus,... concinnavit... 1662

• Historiae naturalis de exanguibus aquaticis libri IV, cum figuris aeneis, Joannes Jonstonus,... concinnavit 1665

• Historiae naturalis de serpentibus, libri II, Joannes Jonstonus,... concinnavit 1665

• De Communione veteris Ecclesiae syntagma, ex bibliotheca Johannis Jonstoni,.... Elzevir, Ámsterdam, 1658

• Johannis Jonstonii,... de Festis Hebraeorum et Graecorum schediasma. V.J. Trescheri, Bratislava, 1660

• Magni Hippocratis,... Coacae praenotiones, graece et latine... cum versione D. Anutii Foesii,... et notis Joh. Jonstoni,... Elzévir, Ámsterdam, 1660

• Idea hygieines recensita, libri II. Johannes Jonstonus,... cum cura revidit. V.J. Trescheri, Jena, 1661, reeditado en 1667

• Notitia regni mineralis, seu Subterraneorum catalogus, cum praecipuis differentiis. V.J. Trescheri, Leipzig, 1661

• Notitia regni vegetabilis, seu Plantarum a veteribus observatarum... in suas classes redacta series. V.J. Trescheri, Leipzig, 1661

• Dendrographias, sive historiae naturalis de arboribus et fructicibus, tam nostri quam peregrini orbis, libri decem, figuris aeneis adornati, Johannes Jonstonus,... concinnavit... M. Meriani, Francfort-sur-le-Main, 1662

• Historiae naturalis de serpentibus, libri II, Joannes Jonstonus,... concinnavit. J. J. Schipperi, Ámsterdam, 1667

• A Description of the Nature of Four-footed Beasts (Londres, 1678). Traducción inglesa de Historiae naturalis de quadripedibus, con 80 ilustraciones grabadas.[1]

• Theatrum universale omnium animalium, piscium, avium, quadrupedum, exanguium aquaticorum, insectorum et angium. R. & G. Weststenios, Ámsterdam, 1718

• Collection d'oiseaux les plus rares... pour servir d'intelligence à l'Histoire naturelle et raisonnée des différens oiseaux qui habitent le globe... traducido del latín de Jonston... De laquelle on a fait précéder l'histoire particulière des oiseaux de la ménagerie du Roi, peints par... Robert et gravés par lui-même. L.-C. Desnos, Paris, 1772

• Histoire naturelle et raisonnée des différens oiseaux qui habitent le globe... traduite du latin de Jonston... de laquelle on a fait précéder l'histoire particulière des oiseaux de la ménagerie du Roi. 1ª parte. Des Oiseaux de la ménagerie du Roi. L.-C. Desnos, Paris, 1773

• L'Histoire naturelle et raisonnée des différens oiseaux qui habitent le globe... traduite du latin de Jonston... De laquelle on a fait précéder l'histoire particulière des oiseaux de la ménagerie du Roi, peints par... Robert et gravés par lui-même. L.-C. Desnos, Paris, 1773

• La abreviatura «Jonst.» se emplea para indicar a John Jonston como autoridad en la descripción y clasificación científica de los vegetales.^[2]​

• Biografía en "Proyecto Galileo" [2], visto 24 de febrero de 2006

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• Planchas de Historiae naturalis de insectis " texto en castellano
• «John Jonston». Índice Internacional de Nombres de las Plantas (IPNI). Real Jardín Botánico de Kew, Herbario de la Universidad de Harvard y Herbario nacional Australiano (eds.).