Johann van Beethoven nació el 14 de noviembre de 1740 en la ciudad alemana de Bonn. Sus padres eran Ludwig van Beethoven^[1]​ (1712, Malinas-1773, Bonn), maestro de capilla en la corte del príncipe elector Clemente Augusto de Baviera, arzobispo de Colonia, y Maria Josefa Ball (también conocida como Maria Josefa Poll).^[2]​^[3]​^[4]​ Ludwig era descendiente de una familia de campesinos y granjeros originarios de Brabante que se trasladaron a Bonn en el siglo XVIII.

En su infancia recibió clases en un colegio jesuita. A los 20 años, se convirtió en tenor de la capilla de la corte electoral y a partir de ese momento se estableció en la corte. Johann contrajo matrimonio con Maria Magdalena Keverich (1746 en Ehrenbreitstein-1787 ) el 12 de noviembre de 1767 en la iglesia católica de San Remigio de Bonn, una joven viuda e hija de un cocinero de Tréveris. Por ese motivo, el matrimonio contó con la oposición de Ludwig, padre de Johann van Beethoven y abuelo de Ludwig van Beethoven, que ya era entonces un prestigioso maestro de capilla de la corte y consideraba a la joven de una clase social inferior a la de su hijo. El matrimonio se trasladó al 515 de la Bonngasse y dos años después, en 1769, nació su primer hijo, bautizado como Ludwig Maria van Beethoven. Sin embargo, apenas 6 días después de su bautizo, el niño falleció. El 17 de diciembre de 1770, fue bautizado su segundo hijo en la iglesia de Santo Remigio de Bonn, con el nombre de "Ludovicus van Beethoven", tal como se describe en el acta de bautismo. María Magdalena tuvo cinco hijos más, de los que sólo sobrevivieron dos: Kaspar Anton Karl, bautizado el 8 de abril de 1774, y Nikolaus Johann, bautizado el 2 de octubre de 1776.^[5]​

Johann se dedicó a impartir clases de música, sobre todo de canto y violín. En esa época comenzaron sus problemas de alcoholismo. Johann impulsó la carrera musical de su hijo y fue su primer profesor. Se dice que Johann fue un padre violento cuando Ludwig interpretaba. Un consejero de la corte informó que Johann ocasionalmente encerraba a Ludwig en un sótano. Cada vez que interpretaba pobremente, Johann exclamaba que era la vergüenza de la familia. En 1784 su voz había empeorado y tres años más tarde, tras el fallecimiento de su esposa el 17 de julio de 1787, sufre una depresión y sus problemas con el alcohol se incrementan. Por ello, no pudo mantener a sus hijos y Ludwig tuvo que mantener a la familia a pesar de su juventud.^[5]​

Poco después de que Beethoven viajase a Viena para su estancia permanente y estudiar con Joseph Haydn, se enteró de que su padre había fallecido en Bonn el 18 de diciembre de 1792 a la edad de 52 años.^[5]​ Se cree que fue enterrado con su esposa en el antiguo cementerio de la ciudad.

Johann van Beethoven era solo una mitad flamenco;^[6]​^[7]​^[8]​ su padre Lodewijk fue el último Beethoven en ser totalmente flamenco. La mayoría de su familia más reciente proviene de la región de Renania de habla alemana y del Electorado del Palatinado del Sacro Imperio Romano Germánico.

Los nazis estaban especialmente interesados en los antecedentes familiares de Ludwig van Beethoven: «Después de asegurarse de que Beethoven no tenía ningún matiz racial o nacional sospechoso de lo no germánico en su formación (se negó una clara evidencia de su ascendencia flamenca en una serie de artículos), los maestros de la propaganda nazi y la maquinaria cultural promovieron sus obras como la esencia de la fuerza germánica y aria».^[9]​

El padre era alcohólico y mentiroso a la audiencia. Cuando Beethoven hizo su primera aparición en público en Colonia el 26 de marzo de 1778 con siete años, Johann exclamó que tenía seis años para destacar la precocidad de su hijo y convertirlo en un nuevo niño prodigio, al igual que Mozart, cosa que probablemente no sucedió. Otro ejemplo de una falsa afirmación es en el Concierto para piano n.º 0 en mi bemol mayor, WoO 4, compuesto en 1784 (exclamó que tenía 12 cuando de verdad lo compuso con 13 o 14 años). Beethoven era consciente de estos hechos y le desagradaba cuando el padre se convertiría en un mentiroso.

La relación entre ambos era muy distante debido al maltrato que el pequeño Beethoven recibía. Una noche, estaba muy oscuro y con un clima frío intenso y por unos minutos, el pequeño se acostó y tembló con su manta fina. Entonces se levantó y bajó las escaleras lo más rápido posible. Sabía que hacer esperar a su padre no era una buena idea. En las tardes, después de recitales, Johann se reunía con sus amigos en las tabernas cercanas. A menudo no llegaba a casa hasta después de la medianoche y esperaba que Beethoven, de cinco años de edad, estuviera listo para una lección de piano. De lo contrario, subiría las escaleras para sacarlo bruscamente de su cama. Cómo Ludwig deseaba quedarse en su cama caliente mientras miraba la música a la luz de un caramelo. Sus ojos estaban llenos de sueño, así que cada vez que malinterpretaba una nota y lo hacía seguido, su padre lo golpeaba con una regla de madera. Un día antes de llevar a su hijo a Colonia el 26 de marzo de 1778, su mamá le alistó ropa nueva y su papá le compró una peluca, como la llevaban puesta las personas ricas. Antes de irse, Johann le dijo a su esposa Maria Magdalena «Lo llevaré a la gran ciudad de Colonia» «Ahí dará un concierto. Contrataré un gran salón y todos vendrán a verlo tocar». En el día del concierto, a pesar de toda su ropa nueva, Ludwig se sintió atemorizado cuando caminó a la plataforma «Toca, Ludwig, toca», su padre siseó detrás de los bastidores. Ludwig estaba temblando de miedo, y lo peor de todo, su peluca estaba decaída y algo de su propio cabello oscuro estaba disperso por debajo. Alguien en la audiencia empezó a animarlo y, aunque comenzó a sentirse menos nervioso mientras tocaba, parecía que la audiencia no iba a olvidar su extraña apariencia lo suficientemente para escucharlo. El concierto no tuvo éxito y estaba claro que no iban a haber regalos de vida. Furioso, Johann llevó a su hijo a casa y lo hizo trabajar más duro de lo que se podía imaginar en la música. Sorprendentemente, esta vez a Beethoven no le importaba, por todo el maltrato cruel de su padre que le impedía que dejase la música. En las mañanas cuando a Ludwig le tocaba ir a la escuela, antes tenía que tocar el órgano en una de las iglesias locales. Después, tenía que preparar su desayuno y apurarse para ir al colegio pero cuando llegó, a menudo estaba un poco perdido y usualmente con sueño. A veces, su profesor sostenía el cuaderno desordenado de Ludwig para que los niños de la clase miraran las manchas, rasguños y tachadas. Esto provocó que su profesor hizo que se quedara tarde para hacer los ejercicios de nuevo. A Ludwig no le importaba, él vivió solamente por la música y así de bien le fue hasta que el Elector de Bonn lo oyó sobre los asuntos y lo convirtió en organista en la capilla. No fue por mucho antes de que Ludwig y no Johann estaba manteniendo a la familia con el dinero que ganaba en las interpretaciones y lecciones que él daba.

El hijo de Johann, Ludwig van Beethoven, no tuvo hijos y nunca estuvo casado, pero su segundo hijo, Karl, sí tuvo hijos. Sin embargo, ninguno de los descendientes vivos de Karl ahora lleva el nombre de Beethoven, el último en hacerlo, Karl Julius Maria van Beethoven, habiendo muerto sin un hijo en 1917.