Auwera primero fue aprendiz de su padre Jakob y continuó su carrera en 1730 en Viena . Estuvo al servicio del príncipe-obispo de Würzburgo a partir de 1738 y decoró el interior de la Residencia de Wurzburgo. Luego viajó con Balthasar Neumann a través de Renania y los países Bajos.

Auwera está en los inicios , junto con Antonio Giuseppe Bossi, del rococó wurtzburgués. Fue el maestro de Johann Michael Fischer . Su hermano Lukas es el autor de la Crucifixión en la iglesia de Saint-Maurice de Wiesentheid .

Entre las obras de Johann Wolfgang von der Auwera se incluyen las siguientes:

• Interior de la Residencia de Wurzburgo
• Altar mayor de la capilla del castillo Augustusburg en Brühl
• Estatuas del altar mayor de la catedral de Worms
• Decoración escultórica del jardín de la abadía cisterciense de Ebrach
• Esculturas en el jardín del castillo de Veitshöchheim
• Altar mayor de la iglesia de Santa Cecilia, en Heusenstamm^{[nota 1]}​
• Altar mayor de la iglesia abacial de Tückelhausen , cerca de Ochsenfurt
• Altar mayor de la iglesia de Saint-Jacques de Burgwindheim
• Tumba del obispo Frédéric-Charles de Schönborn (anteriormente en la catedral de Bamberg, en la actualidad el Museo de Franconia en Würzburgo)