Gatterer fue hijo de Melchior y Gertraut Gatterer. En el momento de su nacimiento, su padre era asistente en la guarnición militar de Núremberg, donde su padre apenas podía mantener a su familia. Aunque el padre de Gatterer era analfabeto hizo que su hijo asistiera a una escuela de latín de Núremberg. A los 13 años Gatterer ya impartía clases particulares de latín y griego, y poco después de hebreo. ^[1]​ En sus años escolares, Gatterer probablemente estudió los tratados genealógicos y heráldicos de Johann David Köhler (1684-1755),^[2]​ quien fue profesor de historia en Altdorf desde 1714 y en Gotinga desde 1735. Köhler asumiría más tarde un papel de mentor para Gatterer. Después de trabajar como bedel en la Escuela Lorenzer de Núremberg (donde su antiguo profesor Jungendres era director), se trasladó al Auditorium Publicum para preparar sus estudios universitarios.

Desde 1747 estudió teología, estudios orientales, filosofía y matemáticas en Altdorf, cerca de Núremberg, y en 1752 se convirtió en profesor de geografía e historia en el Gymnasium de Núremberg, y en 1756 también en profesor de historia imperial y diplomacia en el Auditorium Aegidianum de la misma ciudad. En 1759 aceptó el encargo de convertirse en profesor de historia en Gotinga.^[3]​ Allí fundó la «Academia Histórica» en 1764, renombrada después «Instituto Histórico» en 1766, principalmente para la publicación de fuentes históricas medievales, y participó activamente en la publicación de revistas científicas. En 1776 fue elegido miembro de pleno derecho de la Academia de Ciencias de Gotinga.^[4]​

Gatterer estableció las ciencias auxiliares de la historia en la Universidad de Gotinga (que incluyen las disciplinas de cronología, diplomática, genealogía, geografía, heráldica y numismática). Especialmente en las disciplinas de genealogía y diplomacia, sentó importantes bases y escribió numerosas obras fundamentales, así como reseñas históricas. Para Gatterer, estas ciencias auxiliares no eran materias secundarias, sino la base sobre la que se construye la ciencia histórica, sin la cual no se puede realizar ninguna investigación histórica seria. En cuanto a la ciencia histórica en sí, exigió el uso de fuentes, pruebas y crítica.^[5]​ Todo ello también aplicado a las ciencias auxiliares. La "verdad genealógica" es el objetivo supremo; esto no ha cambiado hasta la fecha. Una de sus innovaciones pedagógicas fue que ya no enseñaba las ciencias auxiliares simplemente como un conjunto de reglas para aprender, sino que, a la manera típica de la Ilustración, incorporó el aspecto visual a la enseñanza académica y siempre explicó sus enseñanzas utilizando originales y grabados en cobre de manuscritos y documentos. Estas innovaciones se convirtieron en el estándar académico en Austria y Hungría gracias a alumnos de Gatterer, como Friedrich Mereau, Gregor Gruber y Martin Schwartner. La colección didáctica de Gatterer, el Método Gatterer, fue famosa a finales del siglo XVIII y se convirtió en un modelo para obras similares. Actualmente se conserva en los Archivos Estatales de Espira.^[6]​ De esta manera, Gatterer realizó contribuciones considerables a la historia universal y a las ciencias auxiliares de la historia.

Su obra más importante es la Biblioteca Histórica General. Ésta se divide en: tratados, especialmente sobre arte histórico; reseñas de libros históricos, mapas, escudos de armas y monedas y cuestiones históricas. Contiene, entre otras cosas: Contribuciones a una teoría de las medallas; Pensamientos sobre la historia alemana; Comparación de historiadores antiguos y modernos con respecto a la verdad; Opinión sobre la disputa en torno a la tumba del rey Enrique el Finkler, que se había encontrado recientemente en Quedlinburg, junto con los documentos y dibujos correspondientes.

• Historia genealogica dominorum Holzschuherorum ab Aspach et Harlach en Thalheim cet. Patriciae gentis tum apud Norimbergenses tum in exteris etiam regionibus toga sagoque illustris ex incorruptis rerum gestarum monimentis conquisita. Nuremberg 1755 ( copia digital ).
• Commentatio de Gunzone, Italo, qui saeculo X. obscuro in Germania pariter, atque in Italia eruditionis laude floruit, ad illusstrandum huius aevi statum literarium. Qua orationem de dificulte artis diplomaae d. XXVIII. Decembris ARS MDCCLVI. inaugurandi caussahabendam rito indicit M. Iohannes Christophorus Gatterer. Fleischmann, Nuremberg 1756 ( copia digital ).
• Oratio de artis Diplomaae difícil, quum munus publici profesoris capesseret, biduo ante exitum A. 1756 en auditorio publico, quod Norimbergae ad D. Aegidii est, habita, nunc vero in usum praelectionum publicarum edita, multisque observeibus locupletata. Fleischmann, Nuremberg 1757 ( copia digital ).

• Elementa artis diplomaae universalis. Volumen 1 (sin más publicaciones). Vandenhoeck, Göttingen 1765 ( copia digital ).
• Biblioteca Histórica General. Por miembros del Real Instituto de Ciencias Históricas de Gotinga. Editado por J. Ch. Gatterer. Volúmenes 1-4, 7-8, 11-16 (de 16) en 6. Gebauer, Halle 1767-1771.
• Epítome artis diplomáticae . Gotinga, 1773; 2.ª ed. Zaunrith, Salzburgo, 1806 ( copia digital ).
• Esquema de numismática: para uso del público. Vandenhoeck, Gotinga, 1773 ( Digitalisat ).
• Esquema de la cronología. Dieterich, Gotinga, 1777 ( copia digital ).
• Comentario diplomático de método aetatis codicum manuscritorum definiendae: cum VII. tabulis. Lecta d. XVIII. Noviembre MDCCLXXXVI. En: Commentationes Societatis Regiae Scientiarum Gottingensis. 8. 1785/86, págs. 85-121 ( copia digital ).
• Un resumen de la historia universal en su totalidad, desde la creación de la Tierra hasta la primera mitad de nuestra era, con una introducción preliminar sobre la historia en general y la historia universal en particular, así como sobre los autores que han contribuido a ella hasta la fecha. Vandenhoeck, Gotinga, 1765; 2.ª ed. Vandenhoeck, Gotinga, 1773 ( versión digital ).
• Introducción a la Historia Universal Sincrónica, explicando sus tablas sincrónicas. Dos volúmenes. Vandenhoeck, Gotinga, 1771.
• Esquema de heráldica. Dieterich, Gotinga/Gotha, 1773 ( copia digital ); 2.ª ed. Raspe, Núremberg, 1774 ( copia digital ).
• Una concepción concisa de la historia mundial en su conjunto. Primera parte. Vandenhoeck, Gotinga, 1785 ( copia digital ).
• Esquema de la genealogía. Vandenhoeck & Ruprecht, Göttingen 1788 ( Digitalisat ).
• Un intento de elaborar una historia universal general hasta el descubrimiento de América. Vandenhoeck & Ruprecht, Gotinga, 1792 ( copia digital ).
• Esquema de la diplomacia. Vandenhoeck & Ruprecht, Göttingen 1798 ( copia digital ).
• Diplomática práctica: con 15 láminas, la mayoría grabadas en cobre. Vandenhoeck & Ruprecht, Gotinga, 1799 ( copia digital ).
• Tratado sobre la cuestión: ¿Los rusos, polacos y otros pueblos eslavos descienden de los getas o de los dacios? Seyffert, Bremen 1805 ( copia digital ).
• Más información sobre la nueva edición de autores contemporáneos sobre historia alemana. En: Archivos de la Sociedad para la Historia Alemana Antigua. 1 (1819/20), pp. 203-225.

Un busto de Johann Christoph Gatterer se colocó en el Salón de la Fama de Múnich. El busto sufrió daños en 1944 (en la zona de la nariz) y no ha sido restaurado ni reproducido hasta la fecha. Hoy, una placa conmemorativa lo recuerda.

• Clemens Alois Baader : Gatterer (Johann Christoph). En: Léxico de escritores bávaros fallecidos de los siglos XVIII y XIX. Volumen: A–L. Jenisch und Stage, Augsburgo [y]. a.] 1824, págs. 181-186 ( personenlexika.digitale-sammlungen.de ).
• Franz Xaver von Wegele (1878), «Gatterer, Johann Christoph», Allgemeine Deutsche Biographie (ADB) (en alemán) 8, Leipzig: Duncker & Humblot, pp. 410-413 .
• Hermann Wesendonck: La fundación de la historiografía alemana moderna por Gatterer y Schlözer, con una introducción sobre su desarrollo y situación antes de ellos. Joh. Wilh. Krüger, Leipzig, 1876.
• Heinz F. Friederichs: Prólogo. En: Johann Christoph Gatterer. Esquema de la genealogía. Reproducido en facsímiles con motivo del 50.º aniversario de la editorial Degener & Co., Neustadt a. D. Aisch 1960.
• Lothar Graf zu Dohna (1964). «Gatterer, Johann Christoph». Neue Deutsche Biographie (NDB) (en alemán) 6. Berlín: Duncker & Humblot. pp. 89-91 ; (texto completo en línea)
• Peter Hanns Reill: Johann Christoph Gatterer. En: Hans-Ulrich Wehler : historiadores alemanes. vol. VI. Vandenhoeck y Ruprecht, Göttingen 1980, ISBN 3-525-33443-5, págs.
• Werner Wilhelm Schnabel: Johann Christoph Gatterer en Núremberg. Sobre los primeros años de vida del historiador de Gotinga. En: Anuario de la Sociedad Histórica de Franconia Media. Volumen 96 (1992/93), pp. 61-109.
• Martin Gierl: La historia como ciencia precisa. Johann Christoph Gatterer y la historiografía del siglo XVIII en su conjunto. Frommann-Holzboog, Stuttgart-Bad Cannstatt 2012, ISBN 978-3-7728-2568-2 .
• Maciej Dorna: Mabillon y otros: los inicios de la diplomática . Wiesbaden: Harrassowitz 2019 (= Investigación Wolfenbüttel. Volumen 159), ISBN 978-3-447-11141-6 .

1. ↑ Karl Heinz Debus: Der Gatterer-Apparat. Landesarchiv Speyer. Hrsg.: Kulturstiftung der Länder sowie Landesarchiv Speyer. Speyer 1998, ISSN 0941-7036, S. 10.
2. ↑ Johann Christoph Gatterer, der Begründer der wissenschaftlichen Genealogie. bearbeitet von Wolfgang Ollrog. In: Archiv für Sippenforschung. Heft 81/82, 47. Jahrgang, Februar 1981, C. A. Starke Verlag, Limburg 1981. 
3. ↑ Der dortige Kurator Gerlach Adolph von Münchhausen, dem Gatterer seine Berufung verdankte, untersagte ihm Vorlesungen in den einträglichen Fächern „Europäische Staatengeschichte“ und Statistik und zwang ihn zu Lehrveranstaltungen über „Historische Enzyklopädie“. Vgl. Karl Heinz Debus: Der Gatterer-Apparat. Landesarchiv Speyer. Hrsg.: Kulturstiftung der Länder sowie Landesarchiv Speyer. Speyer 1998, ISSN 0941-7036,. 
4. ↑ Holger Krahnke: Die Mitglieder der Akademie der Wissenschaften zu Göttingen 1751–2001 (= Abhandlungen der Akademie der Wissenschaften zu Göttingen, Philologisch-Historische Klasse. Folge 3, Bd. 246 = Abhandlungen der Akademie der Wissenschaften in Göttingen, Mathematisch-Physikalische Klasse. Folge 3, Band 50). Vandenhoeck & Ruprecht, Göttingen 2001, ISBN 3-525-82516-1. 
5. ↑ Heinz F. Friederichs: Vorwort. 1960. In: Johann Christoph Gatterer. Abriß der Genealogie. Siehe auch unter Literaturangaben. 
6. ↑ Mark Mersiowsky: Barocker Sammlerstolz, Raritätenkabinette, Strandgut der Säkularisation oder Multimedia der Aufklärung? Diplomatisch-paläographische Apparate im 18. und frühen 19. Jahrhundert. In: Peter Worm, Erika Eisenlohr: Arbeiten aus dem Marburger hilfswissenschaftlichen Institut. Elementa diplomatica 8. Marburg 2000.