Debuta en el equipo Caldense en el 2018 jugando 33 partidos marcando 1 gol y dando 5 asistencias. Cabe resaltar que el único gol fue marcado en la final de la Copa Colombia 2018 en la ciudad de Medellín frente al Atlético Nacional, donde al final el Blanco Blanco perdió 2-1.

En el año 2019 es convocado para la el Mundial sub-20 de la FIFA en Polonia. Y fue llamado por Carlos Queiroz para integrar el grupo completo de la Copa América en Brasil.

El 21 de agosto del 2019, en la fecha 7, le marcó gol de media cancha a Patriotas FC en el empate a 2 en Manizales.

Cierra el 2019 jugando 26 partidos marcando 5 goles y dándonos 5 asistencias, además de ser convocado para el Torneo Preolímpico de 2020, donde debuta en la 2º fecha marcando el último gol en la victoria frente a Ecuador por 4-0.

El 26 de septiembre es confirmado como nuevo jugador de Club de Gimnasia y Esgrima La Plata de la Liga Profesional de Fútbol Argentino siendo su primera experiencia internacional.^[1]​ Debuta el 30 de octubre con gol en la goleada 3 por 0 sobre Patronato, en su segundo partido el 8 de noviembre vuelve y marca gol en el empate a dos goles frente a Vélez Sarsfield.

Luego de pasar 3 años en Gimnasia La Plata, Racing Club adquiere sus servicios comprando el 75% de su pase en una cifra cercana a los 3.8 millones de dólares con un contrato que lo liga a la institución hasta mediados de 2026.^[2]​

Rápidamente, con solo un par de prácticas desde que llegó al club, Johan debuta como titular con Racing en la goleada 5-0 ante Aldosivi por la quinta fecha de la Liga Profesional 2022.^[3]​

El 6 de noviembre de 2022 se consagra campeón y consigue el primer título de su carrera con Racing Club al ganar el Trofeo de Campeones 2022.

El 20 de enero de 2023 se consagra campeón y consigue el segundo título de su carrera con Racing Club al ganar la Supercopa Internacional 2023.

En enero de 2025, Carbonero es cedido al Sport Club Internacional con una opción de compra de 4 millones de dólares. Su debut en el Colorado ocurrió el 28 de enero en el Campeonato Gaúcho frente al Esporte Clube São José. ^[4]​^[5]​

En 2018 entrenó con la selección absoluta de Colombia antes del mundial de Rusia 2018.

Carbonero fue seleccionado para jugar por la selección de Colombia sub-20 que jugó el Mundial sub-20 de la FIFA en Polonia. En la ante sala del mundial, anotó el tercer gol de la victoria por 3-1 ante la selección de México sub-20, por un encuentro amistoso en Austria. En el campeonato mundial, Carbonero no anotó goles y fue expulsado en los Cuartos de final frente a Ucrania quien después sería la campeona del certamen.

En junio de 2019 recibe su primer llamado a la Selección de Colombia por parte de Carlos Queiroz para integrar el grupo de la Copa América.

Actualizado al 14 de diciembre de 2024.