El jefe del Estado Mayor de la Defensa tiene a su mando la estructura operativa de las fuerzas armadas, asesora y responde ante el Presidente de la República y el Ministro de Defensa Nacional, quienes a su vez se encargan de su designación y nombramiento.

Su cargo regulada por el artículo 16 de la Ley N° 18.650, la cual establece que los titulares deben ser Oficiales Generales y Almirantes que se encuentren activos dentro de las fuerzas. Goza de la misma jerarquía que los Comandantes en Jefe de las Fuerzas, por lo que, al momento de la designación se le otorga el rango de General del Ejército, Almirante o General del Aire, dependiendo de la Fuerza a la que pertenezca. Asimismo, no se establece ningún tipo de rotación entre cada rama de las Fuerzas Armadas, puesto que la designación se da por confianza del Poder Ejecutivo.^[1]​

El titular del cargo podrá permanecer en actividad hasta cinco años contados desde su ascenso, teniendo como una excepción el cese como Comandante en Jefe con motivo de designación como Jefe del Estado Mayor. En caso de ser cesado de su cargo, debe pasar a retiro obligatorio.^[1]​^[2]​