Es piloto especializado de rally raid, empezó compitiendo profesionalmente como copiloto en el Rally Dakar en coches corriendo con los pilotos André Costa en el 1983 y Jean-Pierre Jaussaud en 1984 y 1985.

En el Rally Dakar de 1986 compitió por primera vez en camiones, como copiloto de Jacques Houssat, logrando un sexto puesto.^[3]​

Empezó a competir como pilotos en coches con la escudería Mitsubishi en multiples torneos de rallies junto a Bruno Musmarra, logro su primer podio con el tercer puesto.

En el Rally Dakar de 1996 junto a Bruno lograron su primer subcampeonato, pese a ganar 5 etapas, fueron superados por su compañero de equipo Kenjiro Shinozuka por 4 minutos y 16 segundos.

En el 1998 cambio de copiloto de rallies tras el fallecimiento de Bruno Musmarra, junto a Gilles Picard lograron ganar su primer Dakar por encima de sus perseguidores Kenjiro Shinozuka por 1 hora, 45 minutos y 44 segundos y Bruno Saby por 1 hora, 51 minutos y 1 segundo.^[4]​

En el Rally Dakar de 1999, tras sufrir numerosos atascos al inicio de la carrera en Marruecos, tuvo un rol secundario como apoyo a sus compañeros Jutta Kleinschmidt y Miguel Prieto Pérez. Terminó noveno a más de ocho horas de Jean-Louis Schlesser y su buggy, quien se alzó con la victoria.

En 2003, Jean-Pierre Fontenay participó en su último Dakar como piloto, al no aceptar las nuevas propuestas de su equipo Mitsubishi quienes darían más confianza a Hiroshi Masuoka, sin embargo logró subir al segundo puesto del torneo, por detrás de Masuoka por una diferencia de 1 hora, 52 minutos y 12 segundos, aprovechando los contratiempos de Stephane Peterhansel, quien perdió el rally en el último día en Sinaí, logrando el sexto puesto.^[5]​

• Vencedor del Rally Dakar de 1998 (2º en 1997 y 2003; 3º en 1995 y 1996)
• Vencedor del Rally París-Pekín en 1992 y 1995
• Vencedor del Abu Dhabi Desert Challenge en el 1998.
• Vencedor del Baja Cerdeña en 1993.