Tras estudiar en la École normale supérieure Beaufret logró la agregación de filosofía en 1933. Empezó su carrera como profesor de secundaria. Inicialmente se interesó por la filosofía alemana del siglo XIX, así Georg Wilhelm Friedrich Hegel, Johann Gottlieb Fichte y Karl Marx. También se interesó por el pensamiento de Jean-Paul Sartre.

Por otro lado, antes de la Segunda Guerra Mundial conoció y trató a figuras como Paul Éluard, Maurice Merleau-Ponty, André Breton y Paul Valéry. Participó en la Resistencia contra los alemanes.

En 1946, Beaufret pudo tratar a Heidegger, en ese momento puesto en cuestión por su cercanía a los nazis. Beaufret le habló a Heidegger sobre el desarrollo del existencialismo en Francia, y Heidegger escribió para responderle su Brief über den Humanismus (Carta sobre el humanismo). Beaufret fue a visitar a Heidegger en su cabaña de Todtnauberg, en 1947, con alguno de sus alumnos; entre ellos, estaba Jean-François Lyotard.

Beaufret permanecería asociado profundamente a la obra de Heidegger, y también a las controversias sobre esta figura.^[1]​ No logró un puesto universitario, pero su obra fue muy leída. Entre sus principales díscípulos están François Fédier y Pierre Jacerme. La disolución del grupo de heideggerianos franceses y las turbulencias del 'affaire Faurisson' empañaron sus días finales. Sobre este último, claro negacionista, hubo una gran discusión, muy compleja (en la que también medió Noam Chomsky hablando de la libertad de expresión).^[2]​

• Über den Humanismus. Con Martin Heidegger. 10ª edición de V. Klostermann, 56 pp. 2000 ISBN 3465030699, ISBN 9783465030690

• Le poème de Parménide, París, PUF, 1955

• "Hölderlin et Sophocle", pref. a Hölderlin, Remarques sur Oedipe; remarques sur Antigone, París, 10/18, 1965

• Introduction aux philosophies de l'existence, París, Denoël/Gonthier, 1971

• Dialogue avec Heidegger, Paris, Minuit, 1973-1985, 4 vols. IV: ISBN 2-7073-1008-5 en línea. Traducido parcialmente al italiano por M. Corona: Dialogo con Heidegger. Ed. EGEA, 260 pp. 1992 ISBN 8823801532, ISBN 9788823801530

• Wege zu Heidegger. Editor V. Klostermann, 175 pp. 1976 ISBN 3465011511, ISBN 9783465011514 en línea

• Douze questions posées à Jean Beaufret à propos de Martin Heidegger, E. de Rubercy, D. Le Buhan, París, Aubier, 1983

• Notes sur la philosophie en France au XIXe siècle, París, edición ilustrada de Vrin, 133 pp. 1984 ISBN 2711608700, ISBN 9782711608706 en línea

• Entretiens avec F. de Towarnicki, París, PUF, 1984

• De l'existentialisme à Heidegger, París, Vrin, 1986, que adapta su Introduction aux philosophies de l'existence. 182 pp. ISBN 2711609278, ISBN 9782711609277 En línea: Reedición en 2000

• Leçons de philosophie, París, Le Seuil, 1998, 2 vols. 406 pp. ISBN 202033903X, ISBN 9782020339032

• Le fondement philosophique des mathématiques, París, Le Seuil, 2011, conferencias, 1979-81; ISBN 978-2-0209-7296-3

• Al encuentro de Heidegger, Caracas, Ed. Monte Ávila, 1987. Traducción de Juan Luis Delmont. Reeditado en 1994.

• Diálogo con Heidegger. Filosofía griega, Buenos Aires, Ed. Miluno, 2012. Estudio preliminar de Lucas Soares. Traducción de Horacio Pons.

• L'Endurance de la pensée. Pour saluer Jean Beaufret, París, Plon, 1968.
• François Fédier, Heidegger vu de France, Lettre au professeur H. Ott, in Regarder Voir, París, Les Belles Lettres/ Archimbaud, 1995. ISBN 2-251-44059-3
• Jean Beaufret. Wege zu Heidegger. Aus dem Französischen übers. von C. Maihofer, Klostermann Verlag, Frankfurt am Main 1976, ISBN 978-3-465-01151-4
• Martin Heidegger. Brief über den Humanismus, Klostermann Verlag, Frankfurt a.M. 2000, ISBN 978-3465030690

• Hommage à Jean Beaufret. François Fédier: Lycée Condorcet, 11 mai 2004
• François Fédier: Mécanique de la diffamation
• F.Fédier, « Lettre au professeur Hugo Ott»