El Instituto San Francisco fue fundado por frailes franciscanos radicados en la República de Honduras, miembros de la Orden Franciscana (O.F.M). La sede académica se encuentra ubicada en la ciudad de Comayagüela, D.C. precisamente en la colonia Mayangle, Country Club.^[1]​

Es una de las instituciones educativas más antiguas y prestigiosas de Honduras. El instituto San Francisco logró posicionarse entre lo mejores colegios en la década de los 70, 80 y 90. Ganando una popularidad a lo largo de toda Honduras. Después de mucho tiempo en 2016 el instituto desfilo en los desfiles patrios del mismo año logrando gran reconocimiento, destacándose por su excelencia.

• Fr. Athanazzio Iazetta Ofm,
• Fr. Graciano Buttarazzi Ofm,
• Fr.Valentín Gesuale Ofm,
• Fr. Isaac Calichio Ofm.
• Fr. Guillermo Salgado Ofm.
• Monseñor Fr. Roberto Camilleri Ofm,
• Fr. Pater Paul Meilak Ofm,
• Fr. Rafael Fernández Ofm. (En el cargo actualmente)

Entre sus exalumnos se destacan:

• Ingeniero Salvador Nasralla.
• Presidente de Honduras Porfirio Lobo Sosa.
• Presidente de Honduras Rafael Leonardo Callejas.
• Ingeniero Luis Zelaya.
• Ingeniero Roberto Ordóñez.
• Militar Billy Joya.
• Alcalde Nasry Asfura.
• Abogado y candidato presidencial Ramón Villeda Bermúdez.
• Rafael Medina
• Luis Kafie
• Conductor de Televisión Charlie Martino.
• Periodista Virginia Turcios Molina de Cueto.
• Funcionario de CNBS Y BANCATLAN JM Fiallos.

• Arquidiócesis de Tegucigalpa
• Orden franciscana