Fue construida por los jesuitas entre 1575 y 1621.^[2]​^[3]​ Inicialmente estuvo dedicada a la Conversión de San Pablo, apareciendo este pasaje en el tondo que decora su fachada principal.^{[cita requerida]}

Tras la expulsión de los jesuítas el templo quedó en desuso. Tras cuatro años vacío, acogió la Colegiata del Salvador y posteriormente se trasladó hasta este inmueble la parroquia de los Santos Justo y Pastor, denominándose así hasta la actualidad.^[4]​

Aparece descrita en el Estudio descriptivo de los monumentos árabes de Granada, Sevilla y Córdoba (1885) de Rafael Contreras y Muñoz con las siguientes palabras:^[1]​

San Justo y Pastor. Antigua iglesia de jesuítas, que ocupaban también los edificios que son hoy Universidad, Jardín Botánico y el Gobierno civil. Es de rica y esmerada construcción. Su planta latina, y su alzado greco-romano con una elevada cúpula. El retablo es bueno, la portada costosa, con esculturas de los Moras y otros detalles que demuestran el poderío de sus fundadores. Contiene cinco cuadros grandes de Atanasio para cerrar los nidios de relicarios, y otros cuatro de la vida de San Ignacio. Además los hay de Blanes, una Concepción de Atanasio, y otras obras de menos importancia.

(Contreras y Muñoz, 1885, p. 369)

•   Partes de este artículo incluyen texto de Estudio descriptivo de los monumentos árabes de Granada, Sevilla y Córdoba (1885), una obra de Rafael Contreras y Muñoz (1826-1890) en dominio público.

• Contreras y Muñoz, Rafael (1885). «San Justo y Pastor». Estudio descriptivo de los monumentos árabes de Granada, Sevilla y Córdoba. Madrid: Establecimiento tipográfico de Ricardo Fé. p. 369. Wikidata Q119211567.