Era de estilo mudéjar. Su construcción se ha datado en el siglo XIII, si bien pudo levantarse sobre una iglesia mozárabe previa.^[1]​ El templo, que dejó de funcionar como tal en 1831, si bien llegó a ser usada como almacén, fue demolida hacia 1877.^[2]​ El único resto conservado de la edificación es la capilla de Luis de Lucena.^[3]​

La iglesia de San Miguel apareció en el segundo volumen de la obra España artística y monumental (1844), dibujada por Jenaro Pérez Villaamil.

• Pradillo Esteban, Pedro José (1989). «La iglesia de San Miguel de Guadalajara: aproximación histórica y análisis artístico». Wad-al-Hayara (16): 205-224. ISSN 0214-7092. Archivado desde el original el 15 de marzo de 2018. Consultado el 14 de marzo de 2018. 

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