La iglesia se encontraba en la ciudad de Guadalajara, en la actual plaza del Concejo.^[1]​ El edificio, del siglo XIV,^[2]​ se levantó sobre una construcción previa cuya erección se data a finales del siglo XII.^[3]​ El proceso de demolición del templo, de estilo mudéjar,^[4]​ se extendería desde 1842 hasta 1931, restando de ella el ábside y algunos muros.^[5]​

La iglesia aparece descrita en el octavo volumen del Diccionario geográfico-estadístico-histórico de España y sus posesiones de Ultramar de Pascual Madoz de la siguiente manera:

San Gil, de igual categoria que la anterior, servida por un cura, un beneficiado, un sacristan y dos acólitos; se halla sit. á las inmediaciones de la plaza Mayor; el templo nada ofrece de particular: antiguamente se reunia el consejo á la puerta de esta igl., tenian su audiencia el vicario y arcipreste, y el ayunt. celebraba las funciones de la ciudad.

(Madoz, 1847, p. 632)

El 22 de agosto de 1924 fue declarada monumento arquitectónico-artístico, mediante una real orden publicada en la Gaceta de Madrid el día 27 de ese mismo mes.^[2]​ El 16 de enero de 1941 fue retirada del Catálogo Monumental y Artístico, mediante una orden publicada en el Boletín Oficial del Estado, en la que se alegaba el escaso interés artístico de los restos remanentes tras el derribo.^[6]​

• Madoz, Pascual (1847). «Guadalajara». Diccionario geográfico-estadístico-histórico de España y sus posesiones de Ultramar VIII. Madrid. Wikidata Q115624375. 
• Pradillo y Esteban, Pedro José (1994). «La desaparecida parroquia de San Gil de Guadalajara: estado de la cuestión y nuevas aportaciones». Wad-al-Hayara: 211-256. ISSN 0214-7092. Archivado desde el original el 29 de octubre de 2017. Consultado el 28 de octubre de 2017. 
• Trallero Sanz, Antonio Miguel (2015). «La iglesia de San Gil de Guadalajara». Archivo Español de Arte 88 (350): 113-130. ISSN 1988-8511. doi:10.3989/aearte.2015.07. 

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