El proto-trans-neoguineano se reconstruye con un típico inventario papú simple: cinco vocales, /i e a o u/, tres fonaciones de oclusivas en tres lugares, /p t k, b d ɡ, m n ŋ/ (Andrew Pawley reconstruye la serie sonora como prenasalizadas /mb nd ŋɡ/), más una africada palatal /dʒ ~ ndʒ/, la fricativa /s/, y las aproximantes /l j w/. Las sílabas suelen ser (C)V, siendo posible CVC al final de las palabras. Muchas de las lenguas tienen sistemas de tono restringido.

Consonantes^[1]​^: 136

	bilabial	apical	palato- alveolar	palatal	velar
Oclusivas	p	t			k
Oclusivas prenasales	ᵐb	ⁿd	ᶮʤ		ᵑg
nasales	m	n		ɲ	ŋ
fricativas		s
laterales		l
Semivocales	w			j

Las vocales proto-trans-neoguineanas se reconstruyen con un sistema de cinco vocales frecuente en varias lenguas:

Vocales^[1]​

	Anteriores	Centrales	Posteriores
Cerradas	i		u
Semicerradas	e		o
Abiertas		a

Los estudios agrupan a Madang, Finisterre-Huon y Kainantu-Goroka como parte de un grupo más grande del noreste de Nueva Guinea (NENG) sobre la base de evidencia morfológica, como sufijos verbales mutuamente reconstruibles que marcan el tema:^[2]​^[1]​^{: 147–148}

Sufijos verbales de marcado de sujeto del Proto-Noreste de Nueva Guinea

	singular	dual	plural
1ra persona	*-Vn	*-u(l,t)	*-un, *-i
2da persona	*-an	*-i(l,t)	*-ai, *-i, *-a
3ra persona	*-a, *-i		*-ai

Comparación de reconstrucciones de sufijos verbales que marcan el sujeto.

	proto-Northeast New Guinea	protomadang	Protofinisterre-huon	Protokainantu-goroka	proto-trans-neoguineano (tentativo)
1sg	*-Vn	*-in	?	*-u	*-Vn
2sg	*-an	*-an,*-i	*-an	*-an	*-Vn
3sg	*-a,*-i	*-a,*-an	*-a,*-i	*-ai,*-i	*-a,*-i
1du	*-u(l,t)	-*-u(l,t)	*-u(l,t)	*-ur	*-u(l,t)
2/3du	*-i(l,t)	*-i(l,t)	*-i(l,t)	?	*-i(l,t)
1pl	*-un,*-i	*-un	*-un	*-un
2/3pl	*-ai,*-i,*-a	*-ai,*-i	*-e,*-i	*-a

Ross reconstruye el siguiente paradigma pronominal para proto-trans-neoguineano, con *a~*i ablaut para singular~no singular:

Yo	*na	nosotros	*ni
tú	*ga	tú	*gi
él/ella	*(y)a, *ua	ellos	*i

Hay una forma relacionada pero menos comúnmente atestiguada para 'nosotros', *nu, así como una *ja para 'tú', que Ross especula que pudo haber sido una forma educada. Además, había sufijos dual *-li y *-t, y un sufijo plural *-nV, (es decir, n más una vocal), así como los sufijos de número colectivo *-pi- (dual) y *-m- (plural) que funcionaban como nosotros inclusivo cuando se usa en primera persona. (Sin embargo, los reflejos de los sufijos colectivos se limitan geográficamente a las tierras altas centrales y orientales, por lo que es posible que no sean tan antiguos como el proto-trans-neoguineano).

• Esta obra contiene una traducción derivada de «Proto-Trans–New Guinea language» de Wikipedia en inglés, concretamente de esta versión del 1 de septiembre de 2023, publicada por sus editores bajo la Licencia de documentación libre de GNU y la Licencia Creative Commons Atribución-CompartirIgual 4.0 Internacional.
• TransNewGuinea.org - database of the languages of New Guinea (by Simon Greenhill)
• Timothy Usher's Newguineaworld site Archivado el 18 de noviembre de 2021 en Wayback Machine.