Se ha probado que el idioma chipaya se relaciona estrechamente con el uruquilla (uchuma taqu), lengua original de los Uros y se ha integrado con seguridad un grupo designado por varios expertos como familia lingüística uru-chipaya. Otros han sugerido relacionar este grupo con el idioma puquina en una sola familia y algunos consideran el parentesco de todas estas lenguas con la familia arawak. Alfredo Torero^[5]​ demostró que hasta el presente no se ha demostrado relación genética entre las lenguas uru-chipaya y el arawak ni entre el uru-chipaya y el puquina, el quechua o el aimara y consideró hipotéticamente que la separación de uruquilla y el chipaya se produjo hacia el 200 a. C. Recientemente varios chipayas pudieron escuchar y entender sin mayor problema una grabación de los últimos hablantes de uruquilla de la comunidad Uro de Irohito, realizada en 1980 y quedó demostrada cierta inteligibilidad entre ambas lenguas.^[6]​

• En el cuadro 1, se presenta el inventario consonántico del chipaya (Cerrón-Palomino, 2009:35):

• Ciertas africadas tienen la función de sílaba inicial.^[7]​ Hay oposición entre consonantes oclusivas simples, aspiradas y glotalizadas. El chipaya registra, además, dos órdenes más de consonantes africadas: las alveolares y las palatales retroflexas en sus series simples y laringalizadas. Como señala Cerrón-Palomino (2009: 36), aquí radica, precisamente, una de las tantas peculiaridades fónicas de la lengua, que la diferencian de sus vecinas aimara y quechua. En el chipaya se han registrado también variantes fonéticas para las mujeres.^[8]​
• En el cuadro 2, se presenta el sistema vocálico del chipaya. Como se puede observar, se trata de un sistema pentavocálico parecido al del castellano, pero que, a diferencia de este, distingue entre vocales breves y largas, con lo cual el sistema se duplica a 10 fonemas vocálicos (Cerrón-Palomino, 2009: 38):

En cuanto a los rasgos morfológicos del chipaya, se puede señalar lo siguiente (basado en Cerrón-Palomino, 2009: 47-67):

• El chipaya es una lengua aglutinante, con marcada tendencia hacia la fusión. Presenta múltiples sufijos y también algunos prefijos que se encuentran en proceso de obsolescencia. En (1), se ilustra el grado de complejidad interna que puede tener una palabra chipaya:

• En el chipaya, se distinguen tres categorías básicas de raíces: la raíces nominales, las raíces verbales y las partículas. Dentro de la categoría de raíces nominales, Cerrón-Palomino (2009:49) distingue las siguientes subclases: nombres, p.ej. zhoñi 'hombre', zqala 'sembrío'; pronombres, p.ej. wer ‘yo’, am ‘tú’; adjetivos, p.ej. ljok ‘rojo’, zona ‘manso’; numerales, p.ej. tshii ‘uno’ pizk ‘dos’; y adverbios, p.ej. tonje ‘hoy’, teqzi ‘aquí’. En cuanto a las raíces verbales, se distinguen cuatro subclases: verbos intransitivos, p. ej. thaz ‘reír’, phalan ‘sudar’; verbos transitivos, p. ej. trak ‘golpear’, kon ‘matar’; verbos ditransitivos, p.ej. toj ‘repartir’, maz ‘narrar’; y verbos copulativos, p. ej. zhel ‘estar, haber'. En cuanto a las partículas, corresponden a esta clase aquellas raíces que, semánticamente, constituyen adverbios de afirmación o negación, conjunciones, exclamaciones, interjecciones y salutaciones, como p.ej. ana ‘no’, uzh ‘o’.
• Con respecto a la morfología nominal, el nombre chipaya presenta procesos de flexión de género (se distinguen dos géneros: femenino y masculino, p. ej. azn-i ‘burra’, aznu ‘burro’), número (singular y plural, p. ej. zhoñi 'hombre', zhoñi-naka ‘hombres’), y caso. A continuación, se presenta el sistema de casos del chipaya, seguido de algunos ejemplos.

• En cuanto a la morfología verbal, el verbo chipaya presenta diferentes tipos de procesos flexivos, a saber: flexión de persona (primera, segunda, tercera y cuarta persona o persona inclusiva), flexión de tiempo-aspecto (presente absoluto, presente habitual, pasado imperfectivo, pasado perfectivo y futuro), flexión de modo (indicativo, optativo e imperativo) y subordinación. En cuanto a la subordinación, el chipaya presenta un sistema de cinco subordinadores que marcan la correferencia o no, [+corr, -corr], entre los sujetos de la cláusula principal y la cláusula subordinada, así como la relación temporal entre los verbos de ambas cláusulas en términos de simultaneidad, [+sim, -sim]. En el cuadro 4, se presenta el sistema de subordinadores del chipaya, seguido de algunos ejemplos:

• El chipaya presenta, además, un conjunto de sufijos independientes que se clasifican en ocho subclases: sufijos enunciativos, que expresan enunciados de contenido informativo, de carácter emotivo o incluso con matices de sorpresa; sufijos modales, que expresan distintas modalidades epistémicas (indefinido, hipotético y conjetural); sufijos evidenciales, que expresan valores que responden a la fuente de datos (asertivo y reportativo); sufijos interrogativos, que marcan interrogación (corroborativo e informativo); sufijos concordantes, que establecen una relación de concordancia entre el sujeto participante de la oración y el elemento que los porta; sufijos conectores, que establecen una relación entre un enunciado y otro dentro del discurso; sufijos enfáticos, que pueden expresar un sentido categórico, corroborativo o puntualizador; y sufijos afectivos, que transmiten un sentimiento de simpatía o de compasión.

En lo que respecta a la sintaxis del chipaya, se puede señalar lo siguiente (Cerrón-Palomino, 2009: 67-74):

• El orden no marcado de constituyentes en la oración es del tipo Sujeto Objeto Verbo (SOV), como se ilustra en (6):

• La frase nominal se caracteriza estructuralmente por estar formada por un núcleo, que en este caso es un nombre, precedido o no de uno o más modificadores, entre los cuales se encuentran: los determinantes, los numerales, los adjetivos, los atributos, y las cláusulas subordinadas. Como en toda lengua SOV, estos modificadores se caracterizan por preceder siempre a su núcleo, como se observa en (7):

• Según la naturaleza del predicado, las oraciones simples se distinguen en copulativas, como en (8), y predicativas, como en (9). Según su modalidad, éstas pueden ser declarativas, como en (10), interrogativas, como en (11), exhortativas, etc.

• En el chipaya, se distinguen tres tipos de oraciones complejas: oraciones yuxtapuestas, como en (12), oraciones coordinadas, como en (13), y oraciones subordinadas, con verbo no-finito (o no conjugado), como en (14), y con verbo finito, como en (15):

• Rodolfo Cerrón Palomino (2009). Chipaya. En: Mily Crevels y Pieter Muysken (eds.) Lenguas de Bolivia, tomo I Ámbito andino, 29-77. La Paz: Plural editores.
• Rodolfo Cerrón Palomino, Enrique Ballón (2011). Chipaya: Léxico y Etnotaxonomía. Lima: Fondo Editorial de la PUCP.
• Rodolfo Cerrón Palomino (2018). El Chipaya: caso único de reversión idiomática en el mundo. Indiana 35.1 (2018), pp. 121–138.

• La lengua chipaya en proel
• Los Urus reviven de la mano de sus niños
• Galería fotográfica
• Chipaya
• DOBES Uru-Chipaya
• Lenguas de Bolivia (Universidad Radboud de Nimega) Archivado el 12 de noviembre de 2018 en Wayback Machine.
• Proyecto Idiomas en peligro de extinción- Chipaya