Hypogeomys australis fue descrito en 1903 por Guillaume Grandidier a partir de material subfósil recogido en la cueva de Andrahomana,^[1]​ en el sureste de Madagascar.^[2]​ El material de Hypogeomys era similar al de la especie viva Hypogeomys antimena, pero lo suficientemente distinto como para que Grandidier lo reconociera como una especie separada, diferente en tamaño y algunos detalles morfológicos.^[3]​ Grandidier describió otra especie subfósil de Hypogeomys en 1912, H. boulei, pero el material en el que se basaba esa especie fue posteriormente identificado como el enigmático mamífero Plesiorycteropus.^[4]​ En 1946, Charles Lamberton ilustró otro fémur (hueso de la parte superior de la pierna) de H. australis; se desconoce el origen y el paradero actual de este espécimen.^[5]​ En 1996, Steven Goodman y Daniel Rakotondravony revisaron la distribución de Hypogeomys y confirmaron que H. australis es una especie distinta.^[6]​ H. australis y H. antimena se clasifican juntas dentro de la subfamilia Nesomyinae, exclusiva de Madagascar, de la familia Nesomyidae, que incluye varios roedores africanos.^[7]​

Hypogeomys australis era en general similar a H. antimena,^[6]​ el roedor vivo más grande de Madagascar,^[8]​ pero aún más grande, con poca o ninguna coincidencia en las medidas.^[6]​ Grandidier describió a la especie extinta como más robusta, con cicatrices musculares más prominentes en los huesos largos y con molares más largos con crestas y lóbulos más distintivos.^[9]​ La longitud del primer molar inferior es de 5,2 a 6,4 mm, con una media de 5,7 mm, en diez H. australis, y de 3,9 a 5,5 mm, con una media de 4,8 mm, en veinticuatro H. antimena. La anchura del fémur en el extremo proximal (cercano) es de 18,6 a 21,5 mm, con una media de 19,9 mm, en trece H. australis, y de 16,8 a 18,5 mm, con una media de 17,5 mm, en nueve H. antimena. En diez H. australis, la longitud total del fémur es de 69,9 a 75,1 mm, con un promedio de 72,1 mm, en comparación con 59,7 a 69,9 mm, con un promedio de 63,8 mm en nueve H. antimena.^[2]​

Se conocen restos atribuidos a Hypogeomys australis en Andrahomana, en el sureste de Madagascar, y en Antsirabe, en el centro de Madagascar, lo que sugiere una amplia distribución anterior.^[6]​ No se sabe si su área de distribución se solapa con la de H. antimena, que ha sufrido una drástica reducción durante el Holoceno.^[10]​ Un hueso de Andrahomana ha sido datado por radiocarbono en aproximadamente 4440 BP^[11]​ y otro en 1536 BP.^[12]​ Aunque casi no se sabe nada sobre la ecología de H. australis, Goodman y Rakotondravony supusieron que era similar a su pariente vivo, ya que vivía en madrigueras en zonas con suelos sueltos.^[11]​ H. australis muestra un contenido relativamente alto de isótopo de carbono 13, probablemente porque se alimentaba de algunas plantas enriquecidas en carbono 13 a través de la fijación de carbono C4 y el metabolismo ácido crassuláceo; ambos procesos relacionados con la fotosíntesis se dan con mayor frecuencia en plantas adaptadas a entornos secos.^[13]​

Hypogeomys australis es uno de los tres únicos roedores extintos conocidos en Madagascar (los otros son Brachytarsomys mahajambaensis y Nesomys narindaensis, del noroeste de Madagascar).^[14]​ En general, pocos animales pequeños se extinguieron en Madagascar, excepto estos roedores, dos especies de Plesiorycteropus y la musaraña tenrec Microgale macpheei; por el contrario, los animales grandes, como los lémures subfósiles, el carnívoro Cryptoprocta spelea, los hipopótamos malgaches, las tortugas Dipsochelys y las aves Aepyornis y Mullerornis, se extinguieron todos ellos en la época en que llegaron los humanos.^[15]​