Se inició como poeta, para después dedicarse al cuento y la novela de estilo realista, incluso de corte policial.^[5]​^[6]​ En parte de su obra ha utilizado como escenario a Toledo, departamento de Canelones, su pueblo natal.

Como periodista trabajó en el diario La República de Montevideo, entre otras publicaciones. Colabora en el área cultural de los diarios El País y El Observador, y en el semanario Brecha.^[7]​

Con Oscuros perros (2001) y Quizás el domingo (2003) ganó dos veces el primer premio en el Concurso de Narrativa Lolita Ruibal – Ediciones de la Banda Oriental.^[7]​

En 2001 publicó La piel del otro. La novela de Héctor Amodio Pérez, una biografía novelada basada en documentos periodísticos de época y en una veintena de testimonios de personas que conocieron al ex-Tupamaro Amodio Pérez, de quien al momento de la escritura del libro se desconocía su paradero.^[8]​

En 2017 publicó la novela El agua blanda, inspirada libremente en el Operativo Cóndor, un episodio de 1966 en el que un comando de argentinos, militantes peronistas y nacionalistas, secuestró un avión y lo desvió a las islas Malvinas.^[9]​

Fontana fue encontrado muerto en su habitación del hotel donde se alojaba en Punta Cana. Las primeras investigaciones apuntan a una muerte natural.^[2]​

Novela

• 1992, El cazador (Yoea, Montevideo)
• 1996, Y bésame así (Alfaguara, Montevideo)
• 1999, El crimen de Toledo (Alfaguara, Montevideo, Ediciones PuntaObscura, Montevideo, 2015)
• 2000, Veneno (Lengua de Trapo, Madrid, España, Sudamericana, Montevideo, 2007 - Suburbano, Miami, 2020)
• 2012, La piel del otro. La novela de Héctor Amodio Pérez (Cal y Canto, Montevideo, Ediciones PuntaObscura, Montevideo, 2012)
• 2005, El príncipe del azafrán (Planeta, Buenos Aires)
• 2006, La última noche frente al río (Planeta, Buenos Aires)
• 2008, Un mundo sin cielo (Rebecca - Linke, Montevideo)
• 2009, El noir suburbano (Casa Editorial Hum, Montevideo)
• 2011, Tierra firme (Random House Mondandori, Montevideo)
• 2013, Barro y rubí (Estuario editora, Montevideo)
• 2017, El agua blanda (HUM, Montevideo)
• 2021, Los nombres propios Emir Rodríguez Monegal (Estuario, Montevideo)

Cuentos

• 1997, Liberen a Bakunin (Aymara, Montevideo)
• 2001, Oscuros perros (Ediciones de la Banda Oriental, Montevideo)
• 2001, Las historias más tontas del mundo (Alfaguara, Montevideo)
• 2003, Quizás el domingo (Ediciones de la Banda Oriental, Montevideo)
• 2015, Desaparición de Susana Estévez (Estuario editora, Montevideo)

Poesía

• 1977, Las sombras, el sol (Ediciones de la Balanza, Montevideo)
• 1988, Poemas de arena (Destabanda, Montevideo)
• 1986, La voluntad de mentir (Ediciones de la Banda Oriental, Montevideo)

Ensayo

• 2003, Historias robadas. Beto y Débora, dos anarquistas uruguayos (Cal y Canto, Montevideo)
• 2014, Las mil cuestiones del día. Trece historias de anarquistas (Editorial Alter, Montevideo)

• El Baile. Cuento de Hugo Fontana incluido en Las historias más tontas del mundo.
• Ensayo de Hugo Fontana sobre la obra de Carlos Martínez Moreno (pdf)