El Hospital General se levantó en tierra de nadie, en el llamado barranco de Santo Domingo, al igual que la plaza del Castillo o la Casa de la Jurería [ayuntamiento], entre otros espacios urbanos configurados por aquel tiempo,^[4]​. Se levantó, dentro de las murallas de la capital navarra, «en una elevación del terreno que le permite disponer de buena luz y de una posición estratégica para contemplar desde él, en gran panorámica, buena parte de la Cuenca del río Arga.»^[5]​. Así pues el edificio se encuentra en la parte septentrional del Casco Antiguo de Pamplona. La parcela en la que se edificó tenía aproximadamente 2000 metros cuadrados.^[6]​

El Hospital General de Pamplona fue fundado por el Remiro de Goñi, doctor y arcediano de la Tabla de la Catedral de Pamplona, quien entre 1545 y 1550 aportó 7000 ducados para su construcción.^[7]​^[8]​.

Se denominó Hospital General pues tenía como finalidad la fusión de los pequeños hospitales existentes hasta entonces en Pamplona.^[b]​ donde existían hospitales de cofradías y del obispado.^[9]​

El Hospital General estaba bajo el patronato único del municipio pamplonés y estaba regido por una junta nombrada por el Regimiento [Ayuntamiento].^[10]​^[11]​ En 1836 se suprimió la junta, que fue sustituida por la de Beneficencia Municipal.^[10]​

La construcción realizada en la primera mitad del siglo XVI suscitó la oposición de los dominicos, quienes estaban instalados en el cercano Convento de Santiago desde hacía pocos años: «Por la disputa de la plaza existente entre el referido centro médico, el convento y el portal de la Rochapea, como recogen los procesos judiciales en octubre de 1532.» También conoció la oposición de los militares, que consideraban que su emplazamiento junto a la muralla impedía la defensa de la ciudad considerada, por su situación estratégica, como "plaza fuerte".^[12]​

Adjunta al edificio hospitalario, entre 1547 y 1550 se levantó una capilla dedicada a Nuestra Señora de la Misericordia,^[6]​ según el proyecto de Juan de Ancheta.^[8]​^[13]​ La fachada, al encontrarse muy deteriorada, a mediados del siglo XX fue sustituida por la de la iglesia de la Soledad, de Puente la Reina, que es la que se contempla en la actualidad.

En el siglo XVIII se llevaron a cabo obras con el fin de «consolidar sus forjados de madera y cubierta.»^[14]​

Entre 1945 y 1952, José Yárnoz Larrosa,^[1]​ arquitecto de la Institución Príncipe de Viana, adaptó el edificio como «centro museológico saneando su construcción principal, añadiendo un cuerpo porticado en la planta baja y dignificando los accesos con una escalera que une la totalidad de las plantas.» El conjunto remodelado como Museo de Navarra se abrió el 24 de junio de 1956.^[15]​ El actual museo, abierto en 1986, obedece al proyecto de modernización y ampliación de los arquitectos Jordi Garcés y Enric Soria.

Con carácter general, durante el siglo XVI se experimenta «un cambio de mentalidad respecto a los centro benéficos de la Edad Media, al concentrar en un solo edificio las funciones curativas, higiénicas y benéficas como un lugar de asilo a los necesitados.»^[16]​ También en este siglo, frente a la tradición medieval de levantar centros asistenciales dentro del perímetro urbano, «se impuso la norma de construir estos edificios fuera de los muros de la ciudad, en un intento de evitar entre la población el contagio de enfermedades infecciosas.»^[17]​ En el caso de Pamplona se buscó el extremo septentrional, sin llegar a traspasar los muros y ante las protestas de los militares que comandaban la plaza fuerte.

Es uno de los pocos elementos arquitectónicos que aún sobreviven del edificio original y representa también el único ejemplo de arquitectura renacentista de Pamplona. Como recoge el Catálogo Monumental de Navarra, del que también se hace eco la historiadora del arte María Josefa Tarifa, la puerta se suele describir como sigue:

Esta parte, que conserva gran parte de su aspecto original, fue construida en 1547 por Juan de Anchieta y está contigua al caserón hospitalario, en la parte oriental. Presenta una planta de nave única en tres tramos desiguales con una cabecera recta. En el último tramo se abren dos capillas pequeñas a modo de crucero con leve desarrollo.^[21]​

Respecto a las cubiertas se aplican diseños de bóvedas variados mostrando terceletes los dos primeros tramos, bóvedas estrelladas en los dos siguientes y sobre las capillas pequeñas son medios terceletes. Todas ellas «arrancan de ménsulas semicirculares molduradas, adosadas a la pared, que reciben una decoración de dentellones.»^[21]​

• Diversas bóvedas de la capilla
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Hubo en Pamplona un molino de pólvora (entre 1593/1597-1733) que abastecía a la guarnición de Pamplona y a las fortalezas guipuzcoanas y a la armada misma. Estaba situado en el barrio de Juslarrocha (ahora Rochapea). En 1733 sufrió una tremenda explosión (por segunda vez), dejando tres muertos, 4 heridos y serios destrozos en varias casas de la ciudad y en la misma catedral de Pamplona. Aunque se volvió a reconstruir (1745), no se atrevieron a ponerlo en marcha aprovechando la junta del Hospital para solicitar su compra y transformarlo en fábrica de papel.^[22]​^[23]​^[24]​^[13]​ La compra se realizó mediante escritura del 1 de agosto de 1753 estipulando su valor en 131.487 reales, 12 maravedís. Un mes más tarde se firma en Barcelona con Jaime Fábrega, fabricante de papel y vecino de Gerona, para que se traslade a Pamplona para instalar la fábrica que, al cabo de un año, tenía prácticamente acabada.^[25]​ Otro año después, en junio de 1755, el Hospital ya regalaba «a las autoridades de Pamplona y a varias personas de fuera dos resmas a cada uno.» Tras la labor de Fábrega, era Jaime Xesques el responsable de la producción.^[26]​

• Asiron, Joseba (17 de abril de 2022). «Obras en el antiguo Hospital de la calle Santo Domingo, 1953». Diario de Noticias de Navarra. Consultado el 23 de noviembre de 2024. 
• Zubiaur Carreño, Fco Javier (22 de enero de 2002). «El Museo de Navarra». Fco Javier Zubiaur Carreño. Consultado el 23 de noviembre de 2024.