Hippidion es considerado un descendiente de Pliohippus.^[4]​ Équidos como estos emigraron a Sudamérica hace 2,5 millones de años aproximadamente.^[4]​^[5]​ Siendo uno de los primeros ungulados de gran tamaño en migrar hacia América del Sur en el Gran intercambio americano. Evidencias morfológicas, como la delicada estructura de los huesos nasales y diferencias anatómicas de las extremidades, sugiere que Hippidion evolucionó aislado de otras especies de caballos de América del Norte, y que pertenece a un tipo de caballos distinto a los actuales. No obstante, un análisis preliminar de ADN mitocondrial sugirió que Hippidion estaba mucho más emparentado con el caballo actual de lo que tradicionalmente se consideraba, y que debiese ser reclasificado al género Equus.^[4]​ Sin embargo, un extensivo estudio del genoma mitondrial realizado en 2015, apoya la condición de Hippidion como género válido y perteneciente a un linaje evolutivo de équidos distinto al de Equus; ya que ambos grupos divergieron hace más de 6 millones de años y presentan diferencias genéticas y morfológicas suficientemente marcadas.^[6]​

Los restos óseos recolectados en la región patagónica, en localidades como Cueva del Milodón (Chile) y en la provincia de Santa Cruz (Argentina), demuestra que Hippidion saldiasi sobrevivió en dicho territorio hace alrededor de 13 000 a 8.500 años, siendo este uno de sus últimos refugios.^[3]​^[7]​^[8]​ No hay evidencia de la supervivencia de Hippidion o algún otro caballo americano posterior a la fecha de 8500 años antes del presente.^[3]​ Los caballos no volvieron a aparecer en América hasta el siglo XVI, como resultado de la introducción por el hombre.

Hippidion saldiasi medía 130-140 cm de altura hasta los hombros, su longitud era de 2 m y pesaba en torno a los 250 kg.^[9]​ Su aspecto general era similar a un burro. Era más robusto y pequeño que los caballos domésticos, con patas comparativamente más cortas y macizas. Presentaba un prominente hocico muy característico, debido a un muy desarrollado hueso nasal.

Caracteres craneales y anatómicos sugieren que este género no prefería tanto las llanuras abiertas como su pariente Equus (Amerhippus), al parecer Hippidion estaba mejor adaptado a ambientes cerrados, como bosques y estepas arboladas, donde se alimentaba de vegetales tiernos, favorecidos por un clima más frío y húmedo.^[3]​ Pero eran consumidores oportunistas y también podían encontrarse en hábitats más abiertos.^[10]​ Probablemente fue depredado por grandes carnívoros placentarios como félidos dientes de sable (Smilodon populator) y cánidos sudamericanos (como Protocyon y Theriodictis platensis).

Numerosos restos de estos équidos antiguos se han encontrado en diversas localizaciones como en la provincia de Santa Cruz (Argentina)^[8]​^[11]​ y en la Cueva del Milodón (Chile).^[12]​ La importancia de algunos de estos descubrimientos es debido a la variedad de huesos asociados a marcas y elementos de caza de sociedades paleo-americanas.^[10]​^[13]​

• Alberdi, María T.; Miotti, Laura; Prado, José L. (2001). "Hippidion saldiasi Roth, 1899 (Equidae, Perissodactyla), at the Piedra Museo Site (Santa Cruz, Argentina): Its Implication for the Regional Economy and Environmental Reconstruction". Journal of Archaeological Science 28 (4): 411-419. [2].
• "The Megalithic Portal and Megalith Map: Cueva del Milodon Cave or Rock Shelter". [3]. Consultado el 10 de enero de 2009 (en inglés).