Tras los estudios de teología en la Universidad de Münster, Scheipers fue ordenado sacerdote en 1937 por el obispo Petrus Legge y encarcelado tres años después durante seis meses por las autoridades de la Alemania nazi junto a presos políticos polacos condenados a trabajos forzados en Leipzig. Allí, la Gestapo le ofreció la libertad a cambio de abjurar de sus creencias, acuerdo que no aceptó. Siguió atendiendo como sacerdote al resto de prisioneros católicos y en 1941 fue enviado a Dachau, donde habían sido internados la mayoría de los católicos disidentes del III Reich, bajo la acusación de enemigo del Estado en estos términos: «Scheipers es un defensor fanático de la Iglesia, es propenso a generar intranquilidad a la población, por lo que ordenamos su internamiento en el campo de concentración de Dachau».^[4]​

En Dachau fue encarcelado con el número 24255 en el «bloque de los sacerdotes» (Pfarrerblock), junto a otros religiosos católicos y protestantes como el beato Georg Häfner y el pastor Paul Richter.^[5]​ Según sus propias palabras, «El haber sobrevivido corporal y espiritualmente al infierno de Dachau se lo debo exclusivamente a mi fe cristiana».^[6]​ Durante su internamiento fue amenazado en varias ocasiones con enviarle a las cámaras de gas, pero finalmente no fue ejecutado:

«Sabíamos que, más pronto o más tarde, nos esperaba la cámara de gas. Cuando me llegó el turno, tuve una de las experiencias de solidaridad más profundas de mi vida. Otro sacerdote, muy enfermo, me paró en mi camino para ofrecerme el pedazo de pan de ese día. Quise rechazarlo: a él le hacía falta, y yo moriría poco después. Él insistió, diciendo que los apóstoles descubrieron al Señor al partir el pan. Lo acepté, profundamente conmovido. Mi ejecución fue cancelada milagrosamente; él murió. Cada vez que celebro la Eucaristía veo ese pan».

Hermann Scheipers.^[5]​

El 27 de abril de 1945, dos días antes de la liberación del campo de concentración de Dachau por las fuerzas de Estados Unidos, Scheipers sobrevivió a una marcha de la muerte. Recuperada la salud, en 1946 regresó a la diócesis de Dresde-Meissen, entonces parte de la República Democrática Alemana, donde pronto entró en conflicto con el Partido Socialista Unificado de Alemania. Trabajó como sacerdote en Dresde, Berggießhübel, Dresden Johannstadt, Freital, Wilsdruff y Bautzen. Desde 1960 hasta su regreso a Münster en 1983, fue párroco en la parroquia de Santa María Schirgiswalde.

En los últimos años, tras su jubilación, dio numerosas conferencias sobre su experiencia en Dachau y los totalitarismos, donde compara el nazismo con el comunismo soviético y chino en los siguientes términos:

«Tanto Hitler como Stalin y sus seguidores en China y en todo el mundo querían algo más que el poder. Exigían tus creencias y entrega incondicional a su ideología. Esto era una nueva religión. Tenías que creer en su ideología y exigían tu entrega total».

Hermann Scheipers.^[6]​

• Jean Bernard
• El noveno día

• Rudolf Siegel, Johannes Lubczyk, Hermann Scheipers: Blutzeuge der Wahrheit. Ein Gedenkblatt für den im KZ Dachau verstorbenen Jugendseelsorger des Bistums Meißen Dr. Bernhard Wensch, Morus-Verlag, Berlín 1949
• Hermann Scheipers: Gratwanderungen. Priester unter zwei Diktaturen, Benno-Verlag, Leipzig 1997, ISBN 3-7462-1221-9; en español: 'Sacerdote bajo dos dictaduras totalitarias; Por el borde del precipicio' ed. Voz de los sin Voz. Madrid (traducido del original por Mª Isabel Rodríguez Peralta)
• Hermann Scheipers in: Susanne Hahn [Hrsg.]: Hubertusburger Frieden - Ewiger Frieden?! 1. Hubertusburger Friedensgespräche. 21.-23. September 2006, Turnshare, London 2007, ISBN 978-1-903343-99-9
• Vázquez Allegue, Jaime, Hermann Scheipers. La fe me mantuvo vivo en Dachau, Revista Vida Nueva, nº 2756 (2011) 50.
• Westfälisches Landesmedienzentrum (Hg.): Dir gehört mein Leben. Die Geschichte von Anna und Hermann Scheipers. Zivilcourage und Gottvertrauen zwischen zwei Diktaturen. VHS-Video, Münster 2003.