Nació en el asentamiento menonita de Am Trakt, en el Volga, Rusia. En 1880, su familia migró junto con otros menonitas a Asia Central, siguiendo a Claas Epp Jr. en la llamada "Gran Migración". La decisión estuvo motivada por la revocación de la exención del servicio militar para los menonitas y creencias milenaristas que preveían el retorno de Cristo en Oriente. Durante este proceso, Jantzen experimentó una conversión religiosa.^[1]​

Jantzen pasó ocho años estudiando idiomas, el Corán y la fe musulmana.^[2]​En 1885, fue nombrado intérprete en la corte de Muhammad Rahim II en Jiva, pero posteriormente se trasladó a Aulie-Ata, cerca de Taskent.^[3]​Allí fue designado jefe forestal debido a su conocimiento de cuatro idiomas locales y su trabajo en la supervisión de derechos de pastoreo entre grupos nómadas.^[4]​Sin embargo, su cargo como funcionario estatal generó conflictos con la comunidad menonita local, lo que llevó a su exclusión.^[5]​En 1911-1912, estudió en la Escuela Bíblica de Alianza en Berlín y regresó a Asia Central para continuar su labor misionera entre musulmanes y rusos.^[6]​

Durante la Revolución Bolchevique de 1917, fue arrestado por negarse a firmar un edicto de expropiación y fue identificado como contrarrevolucionario.^[7]​En 1923, huyó a Alemania con su esposa, dejando atrás a sus hijos, de los cuales uno murió en prisión y tres fueron deportados a Siberia. Su esposa falleció en 1928.^[1]​Establecido en Berghausen, cerca de la Escuela Bíblica de Wiedenest, trabajó como predicador laico y evangelista en Europa. En 1931, contrajo matrimonio con la viuda de Abram Janzen y continuó su ministerio durante la Segunda Guerra Mundial. ^[8]​

Falleció el 13 de noviembre de 1959 en Hilversum, Países Bajos.^[9]​^[10]​

• Jantzen, Hermann. Im Wilden Turkestan: Ein Leben unter Moslems. Gießen y Basel: Brunnen, 1988. Transcrito del manuscrito alemán por Ernest Kuhlman y traducido al inglés por Joseph A. Kleinsasser como Memoirs of Hermann Jantzen. Manuscrito mecanografiado, s.l., s.f. [c. 1975].