Estaba muy interesado en los sueños, y en 1909 publicó un documento que detallaba su investigación sobre el estado hipnagógico (el estado mental en el que el individuo se encuentra entre la vigilia y el sueño). La argumentación de Silberer era que el estado hipnagógico es autosimbólico, lo que significa que las imágenes y los símbolos percibidos en el estado hipnagógico son representativos del estado físico o mental del perceptor. Llegó a la conclusión de que dos "elementos antagónicos" eran necesarios para que se manifestara el fenómeno autosimbólico: somnolencia y un esfuerzo por pensar.

En 1914, Silberer escribió un libro sobre la relación entre la psicología moderna, el misticismo y las tradiciones esotéricas (sobre todo occidentales, cristianas como el hermetismo, la alquimia, la rosacruz y la francmasonería): Probleme der Mystik und ihrer Symbolik (Problemas de la mística y su simbolismo). Muchas de las ideas que Silberer expone, especialmente respecto de la relación existente entre las imágenes alquímicas y la psicología moderna, eran similares a aquellas desarrolladas más ampliamente por Carl Gustav Jung, un hecho reconocido por este en su trabajo seminal sobre el tema, Psicología y alquimia. El libro de Silberer fue fríamente rechazado por Freud. Silberer llegaría a desanimarse, ahorcándose posteriormente tras ser excomulgado del círculo de asociados de Freud.

• 1903 Viertausend Kilometer im Ballon. Con 28 fotografías tomadas desde un globo. Leipzig 1903
• 1909 Bericht über eine Methode, gewisse symbolische Halluzinations-Erscheinungen hervorzurufen und zu beobachten. Jb. 1, p. 513–525
• 1910 Phantasie und Mythos. (Vornehmlich vom Gesichtspunkte der „funktionalen Kategorie“ aus betrachtet.) Jb. 2, p. 541–622
• 1911 a) Symbolik d. Erwachens u. Schwellensymbolik überhaupt. Jb. 3, p. 621–660
• 1911 b) Über die Symbolbildung. Jb. 3, p. 661–723
• 1911 c) Über die Behandlung einer Psychose bei Justinus Kerner. Jb. 3, 724-729
• 1911 d) Vorläufer Freud'scher Gedanken. Zentralblatt für Psychoanalyse und Psychotherapie 1, p. 441–449
• 1912 a) Spermatozoenträume. Jb. 4, p. 141–161
• 1912 b) Zur Symbolbildung. Jb. 4, p. 607–683
• 1912 c) Zur Frage der Spermatozoenträume. Jb. 4, p. 708–740
• 1912 e) Mantik und Psychoanalyse. Zentralblatt für Psychoanalyse und Psychotherapie 2, p. 78–83
• 1912 f) Von den Kategorien der Symbolik. Zentralblatt für Psychoanalyse und Psychotherapie 2, p. 177–189
• 1912 g) Lekanomantische Versuche. Zentralblatt für Psychoanalyse und Psychotherapie 2, p. 383–401, p. 438-540, p. 518-530, 566-587
• 1912 h) Märchensymbolik. Imago 1, p. 176–187
• 1914 a) Probleme der Mystik und ihrer Symbolik. Wien (Heller). 2ª ed. Darmstadt (Wiss. Buchges.) 1961. (Neuauflage: AAGW, Sinzheim 1997, ISBN 3-937592-07-5)
• 1914 b) Mystik und Okkultismus. Jb. 6, p. 413–424
• 1914 c) Der Homunculus. Im. 3, p. 37–79
• 1914 d) Das Zerstückelungsmotiv im Mythos. Imago 3, p. 502–523
• 1915 a) Durch Tod zum Leben. Eine kurze Untersuchung über die entwicklungsgeschichtliche Bedeutung des Symbols der Wiedergeburt in seinen Urformen, mit bes. Berücksichtigung der modernen Theosophie. Heims, Leipzig. (Neuauflage: AAGW, Sinzheim 1997, ISBN 3-937592-07-5)
• 1919 Der Traum. Einführung in die Traumpsychologie. Stuttgart (Enke)
• 1919 Zur Entstehung der Symbole. Vortrag, 20. Nov. 1919 in der Großloge Wien
• 1920 a) The origin and the meaning of the symbols of freemansonry. Psyche & Eros, p. 17–24, p. 84-97
• 1920 b) The Steinach in mythologie. Psyche & Eros, p. 137-139
• 1921 a) Der Seelenspiegel. Das enoptrische Moment im Okkultismus. Pfullingen (Baum). (Neuauflage: AAGW, Sinzheim 1997, ISBN 3-937592-07-5)
• 1921 b) Der Zufall und die Koboldstreiche des Unbewußten. Bern, Leipz. (Bircher)
• 1921 d) Beyond psychoanalysis. (Reflection on Sigmund Freud's Jenseits des Lustprinzips. 1920.) Psyche & Eros, p. 142–151
• 1923 a) Der Aberglaube. Bern (Bircher).^[1]​^[2]​^[3]​

• El simbolismo oculto de la alquimia. Independently published. 2023. ISBN 9798853281776. 
• El azar y los duendes traviesos de lo inconsciente. Editorial Lazos. 2015. ISBN 978-987-45815-0-1. 

• Silberer, Herbert (2020). The Rediscovered Psychoanalytic Work of Herbert Silberer: Der Traum. En inglés. Routledge. ISBN ‎9780367281113. 
• Silberer, Herbert (2009). Hidden Symbolism Of Alchemy And The Occult Arts: Understanding Mysticism And Its Symbolism. En inglés. CreateSpace. ISBN 978-1-4414-9726-0. 
• Silberer, Herbert (2007). Problems Of Mysticism And Its Symbolism. En inglés. Kessinger Publishing, LLC. ISBN 978-0-548-11106-2. 

• Herbert Silberer. Probleme der Mystik und ihrer Symbolik Proyecto Gutenberg (en inglés)
• Probleme der Mystik und ihrer Symbolik (1917) (en inglés)
• Herbert Silberer. Apuntes sobre un recorrido. En ocasión de la presentación en la Ciudad de México de El azar y los duendes traviesos de lo inconsciente. Gibrán Larrauri Olguín
• Sobre la función onírica: Freud, Silberer, Jung, Stekel