Nació en Londres y fue el menor de ocho hermanos en una familia de comerciantes de acero de Leeds. Siendo aun un escolar, realizó análisis de agua con un analista de la ciudad de Leeds, algo que posteriormente citó como una fuente de su interés en la bioquímica.^[2]​

Julius B. Cohen le enseñó química en la Universidad de Leeds. Con él, estudió la actividad óptica de compuestos orgánicos y ganó fama como gran experimentador en el laboratorio.^[3]​ Desarrolló igualmente una fama de timidez, que le apartó de una carrera docente.^[4]​

En 1901 pasó a trabajar en el instituto Lister de Londres bajo la dirección de S. G. Hedin, investigando sobre la lipasa. Colaboró con Albrecht Kossel en el estudio de la arginasa en la Universidad de Heidelberg.^[5]​^[2]​ En estos trabajos desarrolló un interés duradero en el funcionamiento de las enzimas, sobre lo que hizo grandes aportaciones hasta el punto de ganarse el apodo de Zyme.^[6]​

En 1905, se incorporó a la Universidad de Columbia para trabajar en el laboratorio de Christian Herter.^[5]​^[7]​ En 1905, fue uno de los primeros científicos en sintetizar adrenalina con éxito en el laboratorio.^[6]​ Mostró en particular un gran interés en entender su estructura y el impacto que modificaciones en esta tenían en los efectos en el cuerpo humano.^[6]​

Desde 1906 estudió la beta oxidación de los ácidos grasos, tratándolos con peróxido de hidrógeno y obteniendo diversas cetonas y aldehídos.^[8]​ Con ello descubrió las reacciones de Dakin y Dakin-West. Su trabajo experimental en el campo demostró las teorías de Franz Knoop sobre el proceso de beta oxidación.^[8]​ Estudió igualmente el impacto de este fenómeno en organismos vivos.^[8]​ Durante su investigación sobre aminoácidos, obtuvo su doctorado en Leeds en 1909.^[9]​^[10]​ Herter murió en 1910, pero animado por la viuda de este a seguir, Dakin continuó su trabajo en el campo.

Desde 1913 colaboró con su paisano Harold Ward Dudley.^[11]​ Juntos codescubrieron la glioxolasa en el hígado y su inhibidor, la antiglioxalasa.^[6]​^[12]​ También estudiaron la racemización de la caseína, sentando las bases de una línea de investigación que posteriormente Dudley expandió a todas las globulinas.^[13]​ Colaboró en el mismo campo también con Henry Dale, que había demostrado que hay dos variantes de la albumina en los huevos que desencadenan diferentes respuestas inmunitarias, y juntos demostraron que esas variantes muestran diferentes propiedades ópticas.^[13]​

En 1914 regresó a Inglaterra para ofrecer su servicio al esfuerzo bélico durante la Primera Guerra Mundial.^[12]​ Debido a una solicitud de un químico por parte de Alexis Carrel al Instituto Rockefeller, Dakin se unió a Carrel en 1916 en un hospital temporal en Compiègne. Allí desarrollaron el método Carrel-Dakin de tratamiento de heridas. Este consistía en irrigar intermitentemente la herida con la solución de Dakin, una solución diluida de hipoclorito de sodio (el ingrediente activo en los productos blanqueadores líquidos comunes) y ácido bórico. En el proceso, analizó más de 200 sustancias candidatas y desarrolló métodos cuantitativos para evaluar su eficacia para la desinfección y la cicatrización de heridas.^[14]​ Gracias al uso del antiséptico desarrollado por Dakin, Carrel pudo introducir nuevas técnicas quirúrgicas que redujeron enormemente muertes, amputaciones y tiempo de convalecencia.^[15]​ Pese al posterior descubrimiento de los antibióticos, la solución de Dakin todavía se usaba ampliamente para el cuidado de heridas en 2013.^[16]​

Dakin desarrolló igualmente equipos para la producción de los materiales de la desinfección en hospitales de campaña y probó su uso para desinfectar agua para consumo humano.^[12]​ El Hospital Militar de Demostración Rockefeller de la era de la Primera Guerra Mundial (Hospital Auxiliar del Ejército de los Estados Unidos No. 1) fue creado, en parte, para promover el método Carrel-Dakin: ^[17]​

El hospital militar de demostración del Instituto Rockefeller fue planificado como una escuela para enseñar a los cirujanos militares los principios y el arte de aplicar el tratamiento Carrel-Dakin

Aún en Europa, desarrolló nuevas técnicas de laboratorio, que facilitaban la medida y experimentación con proteínas y enzimas.^[18]​ Una de las más afamadas fue la técnica de extracción de aminoácidos de péptidos hidrolizados mediante butanol, lo que abrió nuevas líneas de investigación.^[19]​

Tras regresar a Estados Unidos y casarse con la viuda de Christian Herter en 1916, trabajó en su laboratorio privado en Scarsdale, Nueva York, donde continuó sus investigaciones.^[20]​^[7]​ Como editor, también continuó el Journal of Biological Chemistry que su mentor había fundado.^[20]​ También demostró, junto a Eleanor B. Newton y Stanley Rossiter Benedict que la tiasina recientemente aislada por Benedict era ergotioneina.^[20]​

Su gran foco en el periodo fue el tratamiento de la anemia, para lo que intentó infructuosamente desarrollar tratamientos hepáticos.^[21]​ Colaboró para ello con el hematólogo Randolph West desde 1928 y juntos descubrieron una nueva reacción en la química del órgano.^[20]​ La temprana muerte de West hizo que Dakin abandonara esa línea de trabajo y se retirara de la investigación activa.^[20]​

Fue elegido miembro de la Royal Society en 1917.^[22]​ Tras rechazar la medalla crooniana de la Royal Society por no querer la exposición pública de la conferencia asociada, en 1941 recibió la medalla Davy, que le fue otorgada al año siguiente en su casa.^[7]​ Pese a su tímidez, en Nueva York fue amigo de Henry Ford y Thomas Edison.^[15]​

Murió poco después de la muerte de su esposa a principios de 1952.

• Clarke, H. T. (1952). «Henry Drysdale Dakin, 1880-1952». The Journal of Biological Chemistry 198 (2): 491-494. PMID 12999763. doi:10.1039/jr9520003319. </ref>
• Dean, R. T. (1999). «Henry Drysdale Dakin (1880-1952): Early studies on radical and 2-electron oxidation of amino acids, proteins and fatty acids». Redox Report 4 (5): 189-194. PMID 10731093. doi:10.1179/135100099101534909. 
• Hartley, Percival (1952). «Henry Drysdale Dakin. 1880-1952». Obituary Notices of Fellows of the Royal Society 8 (21): 128-148. JSTOR 768804. S2CID 178501241. doi:10.1098/rsbm.1952.0009. 
• Levine, Jeffrey M. (September 2013). «Dakin's Solution: Past, Present, and Future». Advances in Skin & Wound Care 26 (9): 410-414. PMID 23958873. doi:10.1097/01.ASW.0000432051.59348.cd.